Akta sprawy Glempa w Instytucie Pamięci Narodowej liczą 23 strony. Według tych materiałów SB inwigilowała ks. Glempa w latach 1964-79. Uznała go nawet za kandydata na tajnego współpracownika. W zasobach IPN znajduje się zapis jego zmagań z próbującą go osaczyć bezpieką, z których to zmagań wychodzi zwycięsko - podała Katolicka Agencja Informacyjna. Ks. Glemp był inwigilowany począwszy od 1964 r. Po czterech latach obserwacji założono sprawę, która w zamyśle SB miała zakończyć się zwerbowaniem. "Kandydat posiada perspektywy rostu (sic!) w hierarchii kościelnej" - pisano w dokumencie z 1968 r. Przy inwigilacji kandydata, zwanego figurantem o ps. Glon stosowano klasyczne techniki pracy operacyjnej. SB wyodrębniła grupę świeckich, z którymi kontaktował się ks. Glemp, w tym kobiety. Podjęto "grę operacyjną, której celem było zdobycie na ks. Glempa materiału kompromitującego obyczajowo". Założono wytypowanym kobietom podsłuchy. "Operacja zakończyła się całkowitym fiaskiem. We wspomnianej teczce kandydata na TW znajduje się jednoznaczne stwierdzenie z 1972 r., że nie udało się na ks. Glempa uzyskać kompromitujących materiałów. SB korzystała też z donosów agentury, m.in. zainstalowanej nieopodal domu brata ks. Glempa. Jeden z esbeków pisał w 1972 r. o Glempie i o jego przyjacielu ks. Ciechanowskim: "Żyją skromnie. W ciągu 5 dni obserwacji nie spotkali się z żadną kobietą, nie byli w godzinach wieczornych w restauracji czy kawiarni". Możliwość zrobienia przez ks. Glempa kariery kościelnej była dla SB bodźcem do zwerbowania go, gdy nie był jeszcze biskupem. Uwagę zwraca fakt, że kwestionariusz z 1972 r. jest "bardzo słabo wypełniony", bo funkcjonariusze SB, którzy w kolejnych latach podsuwali ks. Glempowi propozycję współpracy, za każdym razem spotykali się ze zdecydowaną odmową. W efekcie na stronie 8 i 10 kwestionariusza czytamy: Zdecydowanie odmówił kontaktów z pracownikiem służby bezpieczeństwa. SB próbowała zmusić kapłana do umówienia się na spotkanie poza jego miejscem pracy. Gdy to nie skutkowało, w październiku 1973 r., SB wezwała ks. Glempa do Komendy Powiatowej MO w Gnieźnie po odbiór paszportu. Na to spotkanie przyjechał z Warszawy ppłk Wiejak. W raporcie z października 1973 r. napisał: Rozmowa była b. trudna. Ks. Glemp unikał podejmowania tematów, podkreślał, że kwestie polityczne dot. stosunków państwo - kościół nie interesują go. Nie chciał się zgodzić na rozmowę poza miejscem pracy podtrzymując poprzednią wersję, że jeżeli coś do niego mam, to mogę przyjść oficjalnie do jego miejsca pracy. Oświadczył, że służy kościołowi i poza wiedzą kardynała niczego co by dot. kościoła nie podejmie. Pod koniec rozmowy w nieco żartobliwy sposób wyraził się, że on rozumie moje intencje, że jestem od tego by mieć ludzi, którzy informują o różnych sprawach dot. kościoła, on natomiast jest od tego by się nie dać skłonić do spełniania takiej roli. Nieugięta postawa ks. Glempa naraziła go na represje. Za takie niewątpliwie należy uznać np. dwukrotną negatywną opinię władz wobec wysunięcia przez Prymasa Stefana Wyszyńskiego kandydatury ks. Glempa na biskupa diecezjalnego: w 1975 r. na arcybiskupa wrocławskiego, a w 1977 r. na arcybiskupa poznańskiego. Teczka ks. Glempa kończy się uznaniem, że nie nadaje się on na tajnego współpracownika. Decyzję o definitywnej rezygnacji z dalszego rozpracowywania ks. Glempa jako kandydata na agenta podjął 30 marca 1979 r. naczelnik wydziału I Departamentu IV MSW płk Zenon Płatek (uniewinniony od zarzutu kierowania zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki w 1984 r.). Wpis zamykający sprawę został sporządzony w momencie, gdy ks. Glemp został mianowany - 4 marca 1979 r. - biskupem warmińskim.