W tej części uroczystości uczestniczyć mieli tylko krewni generała, przedstawiciele IPN i duchowni z Kapituły Krakowskiej, ale do krypty zeszło znacznie więcej osób, m.in. minister obrony Bogdan Klich, prezydent Krakowa Jacek Majchrowski, szef IPN Janusz Kurtyka oraz reprezentanci wojska. Modlitwę przy sarkofagu odmówił kard. Stanisław Dziwisz. Po czym odśpiewana została antyfona "Salve Regina", słychać było werble. Na trumnie złożono wieniec od Narodu z biało-czerwonych kwiatów. Ze względu na to, że zejście do grobów królewskich wprost z katedry jest bardzo wąskie oficerowie niosący trumnę wyszli ze świątyni bramą południową bramą i weszli do podziemi innym wejściem. Po zakończeniu uroczystości specjaliści przystąpią do opuszczania marmurowego sarkofagu.