W swych encyklikach Dobry Papież wyznaczył wiele nowych dróg, którymi podążał potem zwołany przez niego Sobór Watykański II. W pierwszej, "Ad Petri Cathedram" (Na stolicę Piotrową), ogłoszonej w czerwcu 1959 roku, papież wskazał trzy główne cele swego pontyfikatu: prawdę, jedność, pokój. Wyraził w niej przekonanie, że przyczyną i źródłem wszystkiego zła, które "zatruwa jednostki, ludy i narody", jest nieznajomość prawdy, pogarda i odwracanie się od niej. Już wtedy biskup Rzymu przeanalizował wpływ mediów na mentalność społeczeństw, pisząc, że radio i telewizja stają się nierzadko, zwłaszcza dla młodzieży, "podnietą do złych obyczajów i do zepsucia, naprowadzaniem do błędu i do występnego życia". "Złej i kłamliwej prasie należy przeciwstawić prasę dobrą i mówiącą prawdę. Audycjom radiowym i widowiskom kinowym oraz telewizyjnym, które pociągają do błędu i do występku, trzeba przeciwstawić inne, które by broniły prawdy i podtrzymywały dobre obyczaje" - wskazał. Miesiąc później Jan XXIII opublikował następną encyklikę, "Sacerdotii Nostri Primordia", w związku z setną rocznicą śmierci świętego proboszcza z Ars Jana Vianneya. W dokumencie tym nakreślił portret wzorowego kapłana, wskazując wartość ascezy kapłańskiej i przypominając o konieczności realizacji w życiu i posłudze rad ewangelicznych: ubóstwa, czystości i posłuszeństwa. Encyklika "Grata Recordatio" z września 1959 roku dedykowana jest różańcowi, który - jak napisał papież - należy odmawiać w intencji Kościoła, misji, problemów międzynarodowych i społecznych. W listopadzie 1959 roku ukazał się dokument "Princeps Pastorum", dedykowany bardzo bliskiemu Janowi XXIII tematowi pracy misyjnej. Podkreślił w nim też znaczenie ludzi świeckich na tym polu. Zalecał upowszechnianie prasy katolickiej oraz "nowego chrześcijańskiego porządku społecznego". Bardzo duży odbiór miała piąta encyklika "Mater et Magistra" (Matka i mistrzyni) z maja 1961 roku, jeden z najważniejszych dokumentów społecznych papieży. Jan XXIII poświęcił ją kwestii współczesnych przemian społecznych w świetle nauki chrześcijańskiej oraz międzynarodowego wymiaru problemów ekonomicznych i ich wpływu na sprawę pokoju. Papież położył nacisk na konieczność stosowania zasady pomocniczości i zaapelował o "zdrową koncepcję" dobra wspólnego, a także o takie dostosowanie rozwoju ekonomicznego i postępu społecznego, aby wszyscy obywatele mieli dostęp do jego rezultatów. Głośny dokument zawiera idee sprawiedliwości i postępu cywilizacyjnego, a także sformułowania dopuszczające nowe interpretacje tradycyjnej tezy katolicyzmu o nienaruszalności i naturalnym charakterze zasady własności prywatnej. Papież dość przychylnie odniósł się do liberalizmu, ale jednocześnie skrytykował nieograniczoną swobodę wolnej konkurencji. Poruszył też kwestię prawa pracujących do zrzeszania się. Szóstą encyklikę "Aeterna Dei" (Odwieczna mądrość Boża), opublikowaną w listopadzie 1961 r., Jan XXIII poświęcił pamięci papieża Leona Wielkiego - w 1500. rocznicę jego śmierci. Przypomniał jego nauczanie o jedności Kościoła oraz to, że wskazywał on, iż widocznym jej znakiem jest biskup Rzymu. W encyklice "Poenitentiam Agere" z lipca 1962 roku pisał o potrzebie wewnętrznej i zewnętrznej pokuty. Niewątpliwie najważniejszą jest ósma i ostatnia encyklika "Pacem in Terris" (Pokój na ziemi), ogłoszona 11 kwietnia 1963 roku i wzywająca do zaprzestania wyścigu zbrojeń oraz pokoju wśród narodów. Jan XXIII wskazał w niej cztery fundamenty pokoju oraz stosunków między państwami: prawdę, sprawiedliwość, miłość i wolność oraz stwierdził, że obowiązkiem wszystkich ludzi, zwłaszcza wierzących, jest ich obrona oraz krzewienie. W tekście jest też wiele akcentów społecznych. Mowa jest o rozwoju warstw robotniczych i udziale kobiet w życiu społecznym, które - jak napisał - "nie zgadzają się na traktowanie ich jako istot bezdusznych czy też jakichś narzędzi". Jan XXIII dokonał analizy zadań władz państwowych, przypominając, że stojący u ich steru muszą cały swój wysiłek i troskę skierować na to, aby zapewnić społeczeństwu postęp gospodarczy i socjalny. Papież przyznał: "Nie da się rozstrzygnąć ogólnie, jaki jest najwłaściwszy ustrój państwa, jakie są najwłaściwsze formy sprawowania władzy przez rządzących". Zaapelował o wykluczenie krzywd i ucisku oraz poszanowanie mniejszości narodowych, a do nich samych o utworzenie z otaczającymi ich narodami wspólnoty oraz udział w ich zwyczajach i instytucjach. Za niezwykle ważne uznano papieskie rozważania na temat zbrojeń. Powstały one po kryzysie kubańskim w 1962 roku, gdy wzrósł stan zagrożenia konfliktem między ZSRR i USA, i doszło do największego napięcia między mocarstwami po II wojnie światowej. Papież napisał, że zbrojenia sprawiają, że "narody żyją w ustawicznym strachu, jakby w obliczu nawałnicy, która może rozpętać się w każdej chwili z potworną siłą". "Jeśli nawet ogromna siła potencjału zbrojeniowego odstrasza dziś ludzi od rozpętania wojny, to niemniej jednak istnieje podstawa do obaw, że same próby z bronią atomową, podejmowane z racji przygotowań do wojny, mogą - jeśli nie zostaną przerwane - narazić na zniszczenie wiele form życia na ziemi" - ostrzegł Jan XXIII.