Ekshumację szczątków Stanisława Pyjasa przeprowadzili na cmentarzu w Gilowicach (Śląskie) biegli i prokuratorzy. Po wyjęciu z grobu zostały one umieszczone w trumnie i przewiezione do Zakładu Medycyny Sądowej w Krakowie. - Udało się uzyskać szczątki Stanisława Pyjasa. Zostały rozpoznane między innymi przez członków rodziny po charakterystycznych elementach ubrania. (...) Szczątki trafią do Zakładu Medycyny Sądowej w Krakowie, gdzie zostaną przeprowadzone zaplanowane czynności. Jednym z elementów tych czynności jest ustalenie ewentualnych nowych informacji na temat przyczyn śmierci - powiedział szef pionu śledczego krakowskiego IPN prokurator Piotr Piątek. Dodał, że w ekshumacji uczestniczyli: specjaliści z różnych zakładów medycyny sądowej, trzech prokuratorzy i najbliżsi Pyjasa. Ekshumacja rozpoczęła się przed godziną 7 rano. Około godziny 15 trumna ze szczątkami została przeniesiona do samochodu firmy pogrzebowej, który odjechał do krakowskiego Zakładu Medycyny Sądowej. Mogiła została natomiast przywrócona do stanu pierwotnego. Jak powiedział prokurator Piątek, po zakończeniu badań w krakowskim Zakładzie Medycyny Sądowej szczątki Stanisława Pyjasa - zgodnie z ustaleniami poczynionymi m.in. z rodziną - zostaną pochowane. Nie podał jednak żadnych terminów ani innych szczegółów. Ekshumacja została przeprowadzona w ramach prowadzonego od czerwca 2008 roku przez krakowski oddział IPN śledztwa dotyczącego śmierci krakowskiego studenta w 1977 roku. Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Jak stwierdzili biegli, "obrażenia powstały od urazu, względnie urazów zadanych narzędziem tępym lub tępokrawędzistym". Prokuratura umorzyła wówczas śledztwo. Wznowiono je w 1991 r., a potem jeszcze kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. Według ustaleń, Stanisław Pyjas został śmiertelnie pobity. Śledztwo krakowskiego IPN jest już piątym śledztwem w sprawie jego śmierci. 18 marca prezes IPN Janusz Kurtyka ogłosił, że prokuratorzy prowadzący śledztwo w sprawie śmierci Stanisława Pyjasa zdecydowali o ekshumacji jego zwłok. Zdaniem IPN, badania kośćca mogą doprowadzić do "sformułowania ostatecznych ocen w kwestii mechanizmu i przyczyn śmierci Pyjasa". IPN odmówił podania, na jaką okoliczność mają być badane kości. Informacje w tej sprawie znalazły się w oświadczeniu rodziny, przekazanym mediom 24 marca. - Uważamy, że przeprowadzenie badań kości Stanisława Pyjasa jest niezbędne w celu poznania bezpośredniej przyczyny śmierci, która mogła nastąpić wskutek postrzału - oświadczyła mediom w imieniu rodziny siostrzenica Pyjasa Agnieszka Przybysz, powołując się na autorki filmu "Trzech kumpli". W filmie jeden ze świadków wyrażał opinię, że Stanisław Pyjas mógł zostać zabity strzałem w głowę. Zarządzenie o przeprowadzeniu ekshumacji wydano 9 marca. Znalazły się w nim 22 pytania, na jakie powinni odpowiedzieć biegli. Jak w połowie lutego powiedział prokurator Piątek, obecne ustalenia w sprawie wskazują, że może chodzić o "zabójstwo z zamiarem ewentualnym". Po ujawnieniu decyzji o ekshumacji poprzednio prowadzący śledztwa w tej sprawie prok. Krzysztof Urbaniak wykluczył hipotezę, że Stanisław Pyjas został zastrzelony. Pytany powiedział, że oddanie strzału w głowę "z przyłożenia" skutkowałoby poważnymi obrażeniami czaszki z tyłu głowy. Tymczasem o takich obrażeniach nie mówili ani świadkowie, którzy znaleźli leżące twarzą do ziemi ciało zmarłego, ani badająca go lekarka pogotowia i funkcjonariusze milicji, wezwani na miejsce. Postrzału mózgu nie stwierdzili też biegli, przeprowadzający w 1977 roku oględziny ciała i badania mózgu oraz biegli, wydający w 1991 roku opinię na podstawie opisu obrażeń i fotografii. Swoją opinię, wykluczającą istnienie rany postrzałowej, wydali też w 2008 roku na podstawie fotografii policjanci z tzw. wydziału X małopolskiej komendy policji.