Przed środową rozprawą żadna ze stron nie chciała rozmawiać z dziennikarzami. We wtorek podczas pierwszej rozprawy przed Sądem Okręgowym w Warszawie prokurator odczytał jawnie zarzuty z aktu oskarżenia, po czym sąd, na wniosek prokuratora, utajnił cały proces. 68-letni Milczanowski, któremu grozi do pięciu lat więzienia, nie przyznaje się do zarzutu. Milczanowski mówił wcześniej, że w sprawie nie ma sobie "absolutnie nic do zarzucenia" i dzisiaj zrobiłby to samo. Dodał, że miał podstawy do złożenia zawiadomienia o przestępstwie szpiegostwa. - Czy w sytuacji kryzysowej państwa mogłem odmówić zawiadomienia osób, będących przecież filarami i gwarantami demokratycznego ładu i porządku w państwie? - pytał retorycznie. Oleksy mówił, że jest już zmęczony sprawą, z "którą Polska nie dała sobie rady". Dodał, że nic nie zmieni szkód, jakie wyrządził mu Milczanowski, który w całej sprawie "zaufał dawnym esbekom". - A pan Oleksy nie ufał esbekom? - ripostował Milczanowski. Pierwotnie proces miał się zacząć w październiku 2005 r., ale wówczas Sąd Okręgowy w Warszawie zwrócił sprawę Prokuraturze Okręgowej w Warszawie, by odtajniła cztery stawiane Milczanowskiemu zarzuty. Ich tajność powodowałaby bowiem, że sąd nie mógłby jawnie ogłosić sentencji wyroku - a jest to bezwzględnym wymogiem prawa. W styczniu 2006 r. prokuratura odtajniła zarzuty i ponownie skierowała do sądu akt oskarżenia. Proces najprawdopodobniej będzie tajny - odtajniono nie całą sprawę, tylko same zarzuty. Odtajniając je, prokuratura potwierdziła nieoficjalne informacje mediów, że główny zarzut dotyczy wystąpienia Milczanowskiego 21 grudnia 1995 r. w Sejmie, gdy powiedział jako tzw. prezydencki szef MSW, iż ówczesny premier Józef Oleksy (SLD) był źródłem informacji dla wywiadu b. ZSRR, a później Rosji - m.in. podczas swych kontaktów z oficerem KGB Władimirem Ałganowem. Inne zarzuty dotyczą bezprawnego - zdaniem prokuratury - powiadomienia o zarzutach wobec Oleksego przez Milczanowskiego ówczesnego prezydenta-elekta Aleksandra Kwaśniewskiego oraz marszałków Sejmu i Senatu, I prezesa Sądu Najwyższego, prezesa Trybunału Konstytucyjnego i prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego, a także szefa MSZ Władysława Bartoszewskiego. Cała sprawa, ujawniona na kilka dni przed końcem kadencji prezydenta Lecha Wałesy, gdy prezydentem-elektem był Kwaśniewski, wywołała wielki kryzys polityczny. Oleksy zaprzeczył, by był agentem, choć przyznał, że "biesiadował" z Ałganowem. W początkach 1996 r. Oleksy podał się do dymisji, gdy prokuratura wojskowa wszczęła śledztwo w jego sprawie (wniósł o to 19 grudnia 1995 r. Milczanowski). W kwietniu 1996 r. umorzono je wobec niestwierdzenia przestępstwa szpiegostwa. Prokuratura podkreśliła, że materiały zebrane przez UOP nt. Oleksego można traktować "wyłącznie jako poszlaki". Do dziś nie wiadomo, kto był agentem KGB o kryptonimie "Olin". W 1996 r. rząd następcy Oleksego Włodzimierza Cimoszewicza (SLD) opublikował w "Białej Księdze" wybór dokumentów sprawy Oleksego, aby dowieść bezpodstawności zarzutów wobec niego. Milczanowski uznał, że ujawniła ona mechanizmy działania polskiego wywiadu. Ówczesny szef MSW Zbigniew Siemiątkowski zapewniał, że nie zagroziło to interesom tajnych służb. Warszawska prokuratura badała, czy Milczanowski przekroczył obowiązki służbowe, ujawniając tajemnicę państwową, jaką są informacje służb specjalnych o danej osobie. Prokuratura oparła się m.in. na sprawozdaniu sejmowej komisji nadzwyczajnej, która badała legalność działań w sprawie Oleksego. Według przyjętego w 1996 r. przez Sejm sprawozdania, działania w tej sprawie oficerów UOP oraz Milczanowskiego mogły naruszać prawo. Śledztwo w sprawie Milczanowskiego pierwotnie umorzono w 1998 r., bo uznano, że minister może odpowiadać tylko przed Trybunałem Stanu. Oleksy odwołał się od tej decyzji do sądu, który w 2000 r. nakazał wznowić śledztwo. W 2001 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł zaś, że minister może odpowiadać przed sądem karnym za przestępstwa popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem, jeśli Sejm nie postawi go przed Trybunałem Stanu. We wrześniu 2001 r. Sejm, większością głosów AWS i UW, zdecydował zaś o umorzeniu postępowania z wniosku posłów SLD o postawienie Milczanowskiego przed Trybunałem. W maju 2002 r. prokuratura postawiła Milczanowskiemu formalne zarzuty. "Oskarżenie mnie uważam za przejaw zemsty ze strony SLD" - mówił Milczanowski. Twierdził, że w całej sprawie działał zgodnie z prawem. "To była prowokacja, która wstrząsnęła Polską i wstrząsnęła mną" - tak zarzut komentował Oleksy.