Teczka abp. Wielgusa zawiera dwa zobowiązania do współpracy z wywiadem PRL. Z pobieżnego przeglądu 68-stronicowej teczki wynika, że w teczce sporządzonej z mikrofilmów przez wywiad PRL nie ma ani jednego raportu napisanego własnoręcznie przez Wielgusa - są wyłącznie notatki operacyjne oficerów sporządzone z rozmów z nim. Jedyny własnoręczny dokument Wielgusa to jego notatka zatytułowana "Plan badań naukowych w związku z otrzymaniem stypendium im. A. Humboldta" z września 1973 r. Zobacz całość dokumentów opublikowanych przez "Gazetę Polską" W aktach znaleźć można między innymi hasło do "nawiązania łączności w miejscu zamieszkania". Brzmiało ono: "Czy nie był pan miesiąc temu na wycieczce w Rzymie?". Na to pytanie powinna paść odpowiedź: "Nie, wybieram się do wiecznego miast dopiero w przyszłym roku" - z notatki operacyjno-mobilizacyjnej "Greya". W teczce są zaś m.in. dwie podpisane przez Wielgusa pseudonimami - "umowy o współpracę" z wywiadem PRL. Jedną z nich, z 28 września 1973 r. Wielgus podpisał jako "Adam Wysocki". Drugą, z 23 lutego 1978 r. podpisał jako "Grey". Jest także instrukcja wyjazdowa wywiadu podpisana przez "Greya" tego samego dnia w 1978 r. W jednym z dokumentów jest on określony "kontakt operacyjny" wywiadu PRL. Pierwszy dokument to mikrofilm wywiadu PRL zawierający 68 kart rozpoczęty w 1973 r., zakończony w 1980 r. Przy złożeniu sprawy do archiwum 2 lipca 1980 r. oficer wywiadu pisał, że informacje przekazywane przez Wielgusa "uzyskiwały pozytywne oceny". W tym samym miesiącu wywiad przekazał "Greya" IV wydziałowi SB w Lublinie, z zastrzeżeniem, że w przypadku wyjazdu za granicę powróci do współpracy z wywiadem. Prof. Andrzej Paczkowski powiedział, że nie ma wątpliwości, że abp Wielgus był świadomym współpracownikiem SB. Dokumenty z którymi Paczkowski zapoznał się w IPN nie są sfałszowane. Profesor Paczkowski razem z redaktorem naczelnym "Więzi" Zbigniewem Nosowskim i teologiem prof. Tomaszem Węcławskim wchodzą w skład grupy powołanej przez Rzecznika Praw Obywatelskich Janusza Kochanowskiego dla poznania materiałów zgromadzonych w IPN na temat Wielgusa. Zespół RPO stwierdził, że zarzuty postawione abp. Wielgusowi nie są bezpodstawne. Wcześniej Kościelna Komisja Historyczna przekazała abp. Stanisławowi Wielgusowi "obszerne sprawozdanie" ze swoich badań nad jego teczką, którą przeglądała w Instytucie Pamięci Narodowej. Rzecznik Episkopatu ks. Józef Kloch powiedział, że w sprawozdaniu są znaki zapytania, do których musi się ustosunkować sam abp Wielgus, jeśli będzie tego chciał. - Sprawozdanie przekazaliśmy abp. Wielgusowi po to, aby dać mu możliwość ustosunkowania się do niego. To jest zwyczajne ludzkie prawo - zaznaczył, przypominając zasadę wysłuchana niech będzie i druga strona (audiatur et altera pars). Rzecznik Episkopatu podkreślił, że ani on, ani Komisja Historyczna badająca akta w IPN nie będą wypowiadać się na temat ingresu, gdyż nie mają uprawnień do wypowiadania się w stosunku do osób mianowanych przez papieża. Raport specjalny: Agenci w Kościele