zastąpił na stanowisku zastępcy prokuratora generalnego Andrzej Pogorzelski. Kierowanie Naczelną Prokuraturą Wojskową powierzono zastępcy naczelnego prokuratora wojskowego gen. bryg. Zbigniewowi Woźniakowi. Pogorzelski był wcześniej m.in. szefem Prokuratury Okręgowej w Warszawie; od 2004 r. jest prokuratorem Prokuratury Krajowej. W październiku 2005 r. przed Sądem Najwyższym skutecznie bronił wyroku dwu i pół roku więzienia dla Lwa Rywina za pomoc w płatnej protekcji, reprezentował też prokuraturę w wielu innych procesach. Minister zaprzeczył, by odwołanie Engelkinga było karą za konferencję, na której prokurator prezentował materiały operacyjne ze śledztwa dotyczącego Janusza Kaczmarka. - Nie chcę, by ktokolwiek w prokuraturze był kojarzony z jakimikolwiek opcjami politycznymi - wyjaśniał Ćwiąkalski. Engelking, który pozostanie w Prokuraturze Krajowej i będzie się zajmował informatyzacją, życzył swojemu następcy, by nie był tak kojarzony. - Mimo że pełnimy funkcje apolityczne, jesteśmy kojarzeni politycznie tylko dlatego, że ministrem był polityk - powiedział. Dodał, że według niego prokuratura nie była przedmiotem politycznych nacisków, a wykorzystywanie prokuratury przez polityków polega na tym, że tuż przed wyborami wzrasta liczba składanych przez nich zawiadomień o popełnieniu przestępstwa, czym prokuratura musi się zająć. Engelking nie chciał się wypowiadać na temat zawiadomienia o popełnieniu przestępstwa ujawnienia danych osobowych, jakie Kaczmarek złożył, gdy publicznie podano jego prywatny adres. - Nie powinienem się wypowiadać, sprawa jest w prokuraturze, tym samym dotyczy mnie - powiedział Engelking. Dodał, że jako prawnik dziwi się zawiadomieniu złożonemu przez Kaczmarka. O konferencji z wykorzystaniem materiałów operacyjnych w sprawie Kaczmarka powiedział, że "była to tylko i wyłącznie obrona prokuratury przed bezpodstawnym pomówieniem i działalność polityczną".