Jak powiedział rzecznik MON, zgodnie z porozumieniem resortu z Agencją Bezpieczeństwa Wewnętrznego, gen. Bondaryk będzie funkcjonariuszem Agencji, oddelegowanym do pracy w MON. Narodowe Centrum Kryptologii to wspólny projekt MON i ABW. Bondaryk od stycznia 2008 r. do 15 stycznia 2013 r. był szefem Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Podał się do dymisji w związku z planowaną reformą służb specjalnych. Od tego czasu pozostawał w dyspozycji szefa ABW.