Komorowski jako urzędujący marszałek Sejmu - zgodnie z konstytucją - przejął obowiązki głowy państwa 10 kwietnia, kiedy w katastrofie samolotu zginął prezydent Lech Kaczyński. Jeszcze tego samego dnia ogłosił tygodniową żałobę narodową, a w orędziu telewizyjnym złożył hołd ofiarom tragedii smoleńskiej. "Pełniący obowiązki prezydenta" - W obliczu naszego narodowego dramatu jesteśmy razem. Dziś nie ma podziału na lewicę i prawicę. Różnice poglądów, wyznania nie mają dzisiaj znaczenia - mówił w orędziu. Decyzją Komorowskiego wybory prezydenckie odbędą się 20 czerwca, czyli w ostatnim możliwym terminie, zgodnie z życzeniem opozycyjnych PiS i SLD, które w katastrofie straciły swoich kandydatów. Opozycja krytykowała Komorowskiego za to, że zbyt szybko powołał nowego szefa prezydenckiej kancelarii, a także nowego szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Media pisały, że w samej Platformie pojawiały się głosy, iż Komorowski w czasie żałoby wypadł blado na tle okazującego większą empatię premiera Donalda Tuska - miały nawet powrócić dyskusje o tym, czy to nie Tusk powinien kandydować, ale premier zdecydowanie je uciął. Wygrane prawybory W prawyborach, które wyłoniły kandydata PO na prezydenta, Komorowski walczył o partyjną nominację z ministrem spraw zagranicznych Radosławem Sikorskim. Wygrał stosunkiem głosów 68,5 : 31,5. Pokonał Sikorskiego w każdym z województw, najwyraźniej na macierzystym Mazowszu. W liście z prośbą o poparcie do członków PO Komorowski pisał, że chce startować w wyborach "nie po to, żeby odebrać Lechowi Kaczyńskiemu żyrandol czy pałac, ale dlatego, żeby nie można już było wykorzystywać urzędu prezydenckiego do walki z nowoczesnością". Mocnym akcentem kampanii prawyborczej było poparcie kandydatury Komorowskiego przez byłego prezydenta Lecha Wałęsę, byłego premiera Tadeusza Mazowieckiego oraz byłego szefa polskiej dyplomacji Władysława Bartoszewskiego. Tuż po ogłoszeniu wyników prawyborów 27 marca Komorowski mówił, że walka o prezydenturę to droga do wielkiego celu, jakim jest dogonienie głównego peletonu krajów tzw. starej Unii. Przekonywał też, że Polsce potrzebny jest prezydent zdolny do wyznaczania i uzgadniania najważniejszych celów ogólnonarodowych i ogólnopaństwowych, zdolny do "budowania na trudnej, podzielonej z natury swojej scenie politycznej, choćby minimum politycznego obejmującego wszystkich". Wizja Mówił, że nie chce dzielić i konfliktować, ale łączyć i jednoczyć naród wokół najważniejszych, najpiękniejszych zadań. Podkreślał, że Polska potrzebuje prezydenta, który "pomaga, a nie przeszkadza", "nie blokuje procesu modernizacji kraju". - Polsce potrzebny jest prezydent, który będzie miał odwagę bronić prawa obywateli przed zakusami wszechwładnego państwa, prezydent rozumiejący i budujący społeczeństwo obywatelskie - przekonywał Komorowski. W kampanii prawyborczej zapowiadał, że jako prezydent chce kierować się zasadą trzech "w": wolność jako fundament, wspólnota czyli budowanie, a nie dzielenie, współpraca - zdolność do współdziałania. Opowiedział się m.in. za ograniczeniem stosowania weta prezydenckiego "ponad umiar", a także za współpracą z rządem w wyznaczanej przez Radę Ministrów polityce zagranicznej. Zapewniał, że nie będzie uczestniczył w "walce o krzesła" na szczytach unijnych, a w pierwszą podróż zagraniczną po wygranych wyborach chce pojechać do Brukseli albo do Wilna. Jest przeciwnikiem kary śmierci. Deklaruje, że nie jest ani zwolennikiem, ani przeciwnikiem parytetów - widzi problem w za małej aktywności publicznej kobiet. Kontrowersje wokół in vitro Komorowski uważa, że in vitro powinno być współfinansowane przez państwo, ale nie we wszystkich przypadkach. Szerokim echem odbiła się jego wypowiedź, w której ocenił, że in vitro powinno być finansowane przez państwo, ale nie w stosunku do wszystkich, tylko "do tych, gdzie jest szansa, że się urodzą dzieci zdrowe i będą dobrze wychowane, wychowane na dobrych obywateli w przyszłości". Te słowa stały się przedmiotem licznych kontrowersji; później marszałek tłumaczył, że trzeba pomagać finansować metodę in vitro, adresując tę pomoc do tych, którzy realnie mają szansę na wychowanie dzieci. "Staruszka specjalnie szans na to nie ma" - dopowiadał. Podkreślał, że jeżeli metoda in vitro ma być finansowana lub współfinansowana z budżetu państwa, w ustawie muszą być zapisane kryteria zdrowotne, które "zwiększają szansę na urodzenie zdrowego dziecka".