W 1997 roku biskup Pieronek jako sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski był członkiem pierwszej delegacji polskich biskupów z prymasem Polski na czele, która w Brukseli spotkała się m.in. z komisarzem ds. Europy Środkowej i Wschodniej Hansem van den Broekiem i wiceprzewodniczącą Parlamentu Europejskiego (PE) Magdaleną Hoff. Dziś biskup mówi, że polscy politycy powinni zabiegać o większy udział w podejmowaniu kluczowych decyzji dotyczących przyszłości Europy, a tym samym ubiegać się o najważniejsze funkcje w strukturach unijnych. - Trzeba umieć to robić w spokoju i przede wszystkim przez ukazywanie kompetencji - choć nie tylko, bo lobbing - odpowiednio kierowany, by był skuteczny - jest nieunikniony - uważa biskup Pieronek. Według niego, "nie ma porównania między stanem z roku, w którym Polska wstępowała do Unii, a sytuacją po pięciu latach obecności w jej strukturach". - Sytuacja gospodarcza pozostawia jeszcze wiele do życzenia, ale niewątpliwie obecność w UE przyczyniła się do postępu cywilizacyjnego - podkreślił biskup. Zauważył, że warto po pięciu latach zapytać, czy dziś ludzie zgodziliby się na to, żeby Polska z Unii zrezygnowała. Czy zrezygnowałaby z tych wielkich sum, które zostały mimo wszystko wpompowane w polską gospodarkę i w polskie rolnictwo. - To jest odpowiedź na pytanie, czy to się opłaciło, czy nie - powiedział. Według bp. Pieronka postępująca laicyzacja polskiego społeczeństwa ma tylko częściowy związek z obecnością naszego kraju w UE. - To nie jest kwestia przystąpienia Polski do UE. Rzeczywiście Unia otworzyła granice i ułatwiła przepływ ludzi. W pewnym sensie przyspieszyła, dlatego, że ten przepływ ludzi i emigrację zarobkową spowodował "wielkie spoganienie" tych, którzy wyjechali, zostawili rodziny, często później porozbijane. Jeżeli ktoś wyjechał, żeby zarobić pieniądze, dbał o rodzinę i wrócił, to jest w porządku. Ale jeśli ktoś zachłysnął się pieniądzem jako wartością najwyższą, to trudno, żeby żył zgodnie z nauczaniem Kościoła. Natomiast jeśli chodzi o młode pokolenie, to jest to związane z postępem cywilizacyjnym. Nawet nie wstępując do Unii, wcale tego procesu byśmy nie zahamowali - ocenił biskup. Dla Kościoła istotną sprawą są kwestie etyki chrześcijańskiej. Mają one związek ze stosunkiem np. do aborcji, eutanazji, orientacji seksualnej itp. Bp Pieronek uważa, że w UE, w sferze prawnej widać tu ciągłe wahanie, "a to dlatego, że nie ma ani Konstytucji Europejskiej, ani Traktatu Lizbońskiego, który uregulowałby te sprawy ostatecznie". Dlatego też - według bp. Pieronka - "obecnie są rozmaite próby wywierania nacisku na państwa członkowskie, które mają nakłonić je do całkowitej liberalizacji przepisów dotyczących aborcji oraz do upowszechniania jej wykonywania. A także w odniesieniu do sfery tzw. równości, zwłaszcza w kwestiach orientacji seksualnej, m.in. małżeństw tej samej płci". - W tej ostatniej kwestii episkopaty niektórych krajów, a wśród nich Episkopat Polski występowały jeszcze przed referendum w sprawie wejścia Polski do UE z zastrzeżeniami, które miały uspokoić opinię publiczną i wyrażały nadzieję, że Unia do tych spraw, regulowanych w poszczególnych krajach przez ich parlamenty, nie będzie się mieszała - przypomniał biskup. Tymczasem, jak dodał, "niestety, w Unii było i jest wiele prób nacisku, głównie ze strony socjalistów, czyli lewicy, zarówno zachodniej jak i postkomunistycznej, którzy mają większość w Parlamencie Europejskim". Jak dodał, chodzi o większość "w tym znaczeniu, że są w stanie zablokować, albo przeprowadzić podstępnie jakieś wadliwe ustawy, ponieważ prawica nie ma po prostu wspólnego języka".