W czwartek (29 października) szef MEN Przemysław Czarnek w wywiadzie dla TVP ocenił, że rektorzy zachęcający studentów i nauczycieli akademickich do brania udziału w manifestacjach przyczyniają się do zwiększenia zagrożenia pandemią koronawirusa. Zapowiedział także, że będzie podejmował leżące w jego kompetencji decyzje wobec 15 uczelni, w których wprowadzono tzw. godziny rektorskie, by umożliwić studentom wzięcie udziału w strajku. "Przykład bezprawnej ingerencji" RPO Adam Bodnar odniósł się do tych zapowiedzi w liście skierowanym do ministra Czarnika w piątek (30 października). Pismo opublikowało w poniedziałek (2 listopada) biuro RPO. Bodnar wskazał w nim, że autonomię szkół wyższych zapewnia konstytucja na zasadach określonych w ustawie. Jak podkreślił, nakłada to na władze obowiązek poszanowania autonomii i nieingerowania w działalność szkół wyższych. Według rzecznika autonomia umożliwia też nieskrępowany rozwój badań naukowych i twórczości artystycznej oraz realizację prawa do nauki. "Autonomia szkół wyższych oznacza również prawo do samodzielnego kształtowania zasad funkcjonowania, m.in. poprzez wydawanie aktów wewnętrznych regulujących prawa i obowiązki studentów, takich jak zarządzenia Rektora" - podkreślił Bodnar. Rzecznik zaznaczył też, że konieczność zapewnienia szkołom wyższym autonomii finansowej oznacza potrzebę zagwarantowania im niezbędnych środków umożliwiających realizację ich celów, ale również możliwość samodzielnego dysponowania posiadanymi środkami. "Mając na uwadze powyższe, pragnę wskazać, że w ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich działania względem uczelni wyższych, o których wspominał Pan na antenie TVP Info, tj. pociągnięcie do odpowiedzialności władz uczelni za sposób organizacji zajęć w dniu 28 października br., zapowiedź ograniczenia finansowania uczelni ze środków publicznych czy ingerowanie w kwestię zatrudnienia jednego z pracowników UAM, stanowią przykład bezprawnej ingerencji w autonomię uczelni wyższych" - napisał Adam Bodnar w liście do ministra. Także obowiązek kształtowania postaw obywatelskich Rzecznik zwrócił też uwagę, że uczelnie mają obowiązek nie tylko kształcenia studentów i prowadzenia badań naukowych, ale także kształtowania postaw obywatelskich, m.in. dbania o rozwój odpowiedzialnych, świadomych społecznie, zaangażowanych i myślących samodzielnie studentów. Według RPO "uczniowie, biorąc udział w trwających protestach, nie tylko korzystają z gwarantowanych konstytucyjnie wolności, ale także prezentują postawy prospołeczne, angażując się we wspomniane protesty i dyskusje zgodnie z własnymi przekonaniami". Bodnar zwrócił się też do ministra o stanowisko i wskazanie, jakie działania podjął wobec uczelni oraz o podanie, na jakiej podstawie formułuje twierdzenie, że udział uczniów w protestach bywa inspirowany przez nauczycieli. Reakcja rektorów uczelni na słowa Czarnka 22 października TK orzekł, że przepis ustawy z 1993 r. zezwalający na dopuszczalność aborcji w przypadku dużego prawdopodobieństwa ciężkiego i nieodwracalnego upośledzenia płodu albo nieuleczalnej choroby zagrażającej jego życiu jest niezgodny z konstytucją. Po wyroku TK w całej Polsce trwają protesty, organizowane m.in. przez "Strajk kobiet". W czwartek (29 października) minister edukacji i nauki skrytykował uczelnie, które w środę (28 października) zarządziły godziny rektorskie, zezwalając tym na udział studentów w protestach. Czarnek dodał, że minister edukacji i nauki ma kompetencje do rozdzielania środków inwestycyjnych dla uczelni, środków na badania, na granty. Rektorzy uczelni odnieśli się do postawy ministra, wydając oświadczenie, w którym napisali: "Prezydium KRASP (Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich) z ogromnym zdziwieniem i głębokim niepokojem przyjęło wypowiedź Ministra Edukacji i Nauki, dra hab. Przemysława Czarnka, naruszającą autonomię uczelni, zapowiadającą, że decyzje o rozdziale środków na inwestycje i projekty naukowe będą uzależnione od tego, jakie stanowisko zajęły uczelnie wobec protestów". W sobotę (31 października) w Polskim Radiu 24 Czarnek powiedział, że nie cofnął finansowania grantu żadnemu uniwersytetowi, ani żadnej innej uczelni. - To jest przekaz, który dziś się pojawił w mediach, a który jest całkowicie nieprawdziwy. Nigdy niczego takiego nie powiedziałem - mówił Czarnek.