Sąd Lustracyjny II instancji podjął taką decyzję z urzędu, a nie na wniosek obrony Gilowskiej. Sędziowie doszli do wniosku, że zachodzi tu przewidziany przez ustawę "inny, szczególnie uzasadniony przypadek". Od ogłoszenia postanowienia Gilowska i jej adwokat mogą zapoznawać się z aktami sprawy, choć twierdzą, że czekają na "impuls od sądu". - Chcę procesu jak najszybciej. Dojadę na niego skądkolwiek - mówiła Gilowska pytana przez sędziego Rafała Kanioka, czy planuje urlop. Postanowienie sądu to efekt wniosku jaki złożył obrońca Gilowskiej, ale także wniosku zastępcy Rzecznika Interesu Publicznego Jerzego Rodzika i stanowiska Gilowskiej, która oświadczyła przed sądem, że chce swej lustracji. - Dopiero zażalenie obrony na decyzję I instancji, w którym jest mowa o woli Zyty Gilowskiej do oczyszczenia się i lustracji, dało podstawę do wszczęcia procesu przez sąd z urzędu - mówił sędzia Rafał Kaniok. - Takiego stanowiska nie mogą zastąpić liczne wypowiedzi formułowane w mediach ogólnopolskich - dodał sędzia. Adwokat Gilowskiej wnosił o zmianę decyzji instancji niższej i wszczęcie procesu. Kruszyński przekonywał, że termin "wszczęcie postępowania lustracyjnego" należy rozumieć inaczej niż sąd - wszczęciem jest złożenie wniosku do Sądu Lustracyjnego przez Rzecznika Interesu Publicznego, a nie postanowienie sądu. Wówczas termin odwołania Gilowskiej z funkcji rządowych nie miałby znaczenia. Zastępca Rzecznika Interesu Publicznego Jerzy Rodzik powtórzył z kolei swój wniosek z I instancji, w myśl którego chciał on rozważenia przez sąd lustracyjny, czy można wszcząć proces Zyty Gilowskiej na podstawie przepisu o "szczególnym przypadku". Rodzik podkreślił, że rzecznikowi "nie dano uprawnienia do wszczynania postępowania - czyni to sąd". 29 czerwca Sąd Lustracyjny uznał, że Gilowska nie może być już lustrowana z wniosku Rzecznika Interesu Publicznego, który zwrócił się w tej sprawie do sądu, bo została zdymisjonowana przez premiera Kazimierza Marcinkiewicza i prezydenta Lecha Kaczyńskiego z funkcji publicznej przed posiedzeniem sądu, a więc - w rozumieniu ustawy lustracyjnej - nie jest ona już sobą publiczną.