Według Janika na sprawę więzień CIA nie można patrzeć ahistorycznie. "Świat walczył wtedy z terroryzmem, my też - powiedział PAP były minister. - Państwo polskie uznało wtedy tę walkę za niezbędną i nie było to związane z interesem żadnej partii, tylko właśnie państwa". Krzysztof Janik, polityk SLD, był ministrem spraw wewnętrznych i administracji w latach 2001-04, w gabinecie Leszka Millera. Właśnie okresu funkcjonowania rządu Millera dotyczą zarzuty tolerowania przez polskie władze tajnych więzień CIA. Europejski Trybunał Praw Człowieka w Strasburgu uznał, że Polska naruszyła m.in. zakaz tortur i nieludzkiego traktowania, a polskie śledztwo jest nieefektywne; chodzi o skargi złożone przez Palestyńczyka Abu Zubajdę i Saudyjczyka Abd al-Rahim al-Nashiriego, którzy twierdzą, że w latach 2002-2003 zostali - za przyzwoleniem polskich władz - osadzeni przez CIA w tajnym więzieniu w Polsce, gdzie CIA miała ich torturować. ETPC orzekł, że Polska ma zapłacić obu skarżącym po 100 tys. euro zadośćuczynienia (a dodatkowo al-Nashiriemu 30 tys. euro zwrotu kosztów), ponieważ w ich przypadku naruszona została Europejska Konwencja Praw Człowieka. Domniemanie, że w Polsce - i w kilku innych krajach europejskich - mogły być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja Human Rights Watch. Według niej takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polscy politycy różnych opcji politycznych wielokrotnie zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały. Prowadzone od sierpnia 2008 r. śledztwo bada, czy była zgoda polskich władz na stworzenie w Polsce tajnych więzień CIA w latach 2002-2003 i czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, godząc się na tortury, jakim w punkcie zatrzymań CIA w Polsce mieli być poddawani podejrzewani o terroryzm. Obecnie śledztwo jest przedłużone do 11 października.