W toczącym się od kwietnia ubiegłego roku procesie cywilnym Kancelaria Sejmu domagała się zwrotu pobranych od 2001 roku kwot. Kancelaria wniosła pozew po opisaniu sprawy przez dziennikarzy. We wrześniu 2007 r. lokalne media w Bydgoszczy ujawniły, że Markowski - ówczesny lider PiS w tym mieście i wiceszef klubu parlamentarnego PiS - od sześciu lat pobiera z kasy Sejmu comiesięczny dodatek 2 tys. zł na pokrycie kosztów pobytu w Warszawie podczas prac w parlamencie. Jednocześnie poseł był jednak formalnie właścicielem mieszkania w stolicy, a pod adresem stałego zameldowania w Bydgoszczy nie mieszkał. Wkrótce potem szef PiS, ówczesny premier Jarosław Kaczyński, zdecydował o skreśleniu Markowskiego z listy wyborczej do Sejmu. Uzasadniając wyrok, sędzia Anna Błażejczyk zaznaczyła, iż stan faktyczny sprawy jest bezsporny, a korzystanie z ryczałtu było nieuprawnione. Przypomniała, że poseł złożył oświadczenie, iż nie jest zameldowany w Warszawie i nie ma innych uprawnień do zakwaterowania w tym mieście. Jednocześnie, jak zaznaczyła sędzia, był on właścicielem mieszkania na ul. Francuskiej, które wynajmowano osobie trzeciej. - Od każdego posła należy oczekiwać odpowiedzialności wobec wyborców i podatników - mówiła sędzia. Wyrok nie jest prawomocny, były poseł nie był obecny na jego ogłoszeniu. Markowski bronił się wcześniej, twierdząc, że pracownicy kancelarii wiedząc o jego sytuacji, instruowali go, że może zwrócić się o przyznanie ryczałtu. Mówił też, że odkąd się usamodzielnił w wieku 22-23 lat, mieszka w wynajętych mieszkaniach w stolicy, zaś mieszkanie przy Francuskiej jest wprawdzie na niego zapisane od 1986 r., ale wyłącznie formalnie, bo faktycznie dysponuje nim dożywotnio jego ojciec, o czym świadczy porozumienie, jakie z nimi wtedy zawarł. Jednocześnie wobec byłego posła toczy się proces karny, w którym prokuratura zarzuca mu wyłudzenie od Sejmu nienależnych ryczałtów. Były poseł nie przyznaje się do zarzuconego mu czynu. Kolejna rozprawa w tej sprawie ma odbyć się przed stołecznym sądem rejonowym pod koniec sierpnia.