Według koordynatora ds. służb specjalnych Zbigniewa Wassermanna, Wachowski został zatrzymany, ponieważ łódzka prokuratura apelacyjna chce mu postawić nowe zarzuty. Tymczasem jak poinformował rzecznik Prokuratury Apelacyjnej w Łodzi Wojciech Górski, chodzi o prowadzone przez ABW pod nadzorem łódzkiej prokuratury apelacyjnej śledztwo w sprawie przyjmowania korzyści majątkowych i powoływania się na wpływy. Postępowanie zostało wszczęte po doniesieniu dwóch znanych biznesmenów z podłódzkiego Rzgowa - braci G., właścicieli hal targowych. Doniesienie związane było również ze sprawą sponsorowania przez nich sportowej spółki SPN Widzew SSA. Wachowski został już raz zatrzymany przez ABW w tej sprawie we wrześniu 2005 r. Były minister w kancelarii prezydenta Lecha Wałęsy podejrzewany był wówczas o płatną protekcję. - Wiwat Kaczyńscy! Na głowie staną, by mu coś udowodnić - tak Lech Wałęsa skomentował dla RMF doniesienia na temat zatrzymania Wachowskiego. Były prezydent zapowiedział, że nie pozwoli skrzywdzić Wachowskiego, chyba że ten ostatni złamał prawo. Wałęsa jest przekonany jednak, że tak nie było. 26 października 2005 r. ruszył inny proces Wachowskiego oskarżonego o złożenie fałszywych zeznań przed prokuraturą w Piasecznie (grozi za to 3 lata więzienia). Proces ten jest bezterminowo odroczony. Chodzi o zeznania Wachowskiego w prokuraturze w Piasecznie w 2003 r. Zaprzeczył wówczas, by dostał od biznesmena Sławomira M. 30 tys. dolarów jako zwrot części zainwestowanych przez siebie pieniędzy. W 2001 r. Wachowski "włożył" bowiem 159 tys. dolarów w tworzoną przez niego i M. spółkę. Wspólny biznes nie powiódł się. M. - który czeka na swój proces za oszustwo wobec Wachowskiego - twierdzi, że jeszcze w maju 2001 r. zwrócił mu część zainwestowanej kwoty - 30 tys. dolarów. Głównym dowodem jest pokwitowanie odbioru przez Wachowskiego. On sam twierdzi, że pieniędzy nie dostał, a M. spreparował pokwitowanie, wykorzystując kartkę z jego podpisem "in blanco". W sprawie konfliktu Wachowskiego z biznesmenem jest też odrębny wątek: Sławomir M. twierdzi, że wręczył b. ministrowi 25 tys. dol. za załatwienie mu wizy do USA. Były minister w kancelarii Wałęsy ma też na pieńku z Jarosławem Kaczyńskim . W 1993 r. ówczesny lider Porozumienia Centrum pokazywał jako dowód na agenturalną przeszłość belwederskiego ministra zdjęcie z kursu oficerskiego MO i SB z 1975 r., przedstawiające rzekomo Wachowskiego. Na zdjęciu rozpoznał się jednak Arnold Superczyński, ówczesny komendant wojewódzki policji w Lublinie (gdy później został szefem stołecznej policji, zarówno on, jak i jego przełożeni zaprzeczali, by ta nominacja miała być swego rodzaju nagrodą za tę sprawę). Na procesie, który wytoczył Kaczyńskiemu za pomówienie o współpracę z SB, Wachowski zapewniał, że nigdy z tą służbą nie współpracował. Znów głośno o Wachowskim zrobiło się w czerwcu 2001 r., gdy ówczesny minister sprawiedliwości Lech Kaczyński powiedział w wywiadzie radiowym, że Wachowski to "wielokrotny przestępca", zaś Wałęsa "dopuszczał się przestępstw". Obaj pomówieni wytoczyli Kaczyńskiemu procesy karny i cywilny. L. Kaczyński pogodził się z Wałęsą, Wachowskiego jednak nie miał zamiaru przepraszać. Proces cywilny L. Kaczyński przegrał, przed sądem karnym w I instancji zapadł także wyrok nakazujący przeproszenie Wachowskiego. 14 grudnia 2005 r. Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił ten wyrok i zwrócił sprawę do I instancji. Jest ona zawieszona na czas prezydentury Kaczyńskiego.