Podczas rozmowy w radiowej "Jedynce" arcybiskup podkreślił, że w czasie swej pracy w Stolicy Apostolskiej oddelegowany był przez papieża do kontaktów z polskimi urzędnikami. "Zwłaszcza, gdy powstał zespół rządowy ds. stałych kontaktów roboczych ze Stolicą Apostolską. Ludzie z tego zespołu oczywiście mieli prawo do mnie przyjść, bo byli urzędowo zgłoszeni jako osoby, które mają prawo prowadzić rozmowy, wysłuchiwać i robić z tym to, co im urząd nakaże. Ojciec Święty czasem dawał mi pewne wskazania, co mam powiedzieć. Była masa różnych problemów, o których dyskutowaliśmy" - powiedział abp Kowalczyk. Zaznaczył, że zdawał sobie sprawę, że wśród urzędników, z którymi rozmawiał, byli "ubecy". "Z założenia, gdy się szło do jakiegokolwiek urzędu w czasach PRL, to wiadomo było, że tam byli urzędnicy i ubecy. Taki był system. Ja byłem w pełni świadomy, że jesteśmy nie tylko wysłuchiwani, czy prowadzimy dialog, ale że z tego robi się raporty, i tak powinno być. Z rozmowy powinien być protokół, ja także je robiłem i one są w Watykanie, mogą je ciekawscy przeczytać, ale po 50 latach, gdy je Watykan udostępni" - mówił arcybiskup. Dodał, że jego zdaniem w Polsce był i jest chaos, jeśli chodzi o dostęp do tego rodzaju dokumentów. "Dzisiaj widzę, że do tych i innych zapisów może mieć dostęp ktokolwiek, komu jakiś profesor historii da polecenie, żeby poszedł do archiwum i IPN je mu wyda. A gdybym ja napisał taką prośbę, to mnie nie dadzą" - zaznaczył abp Kowalczyk. Podkreślił, że zapiski, z którymi się zapoznał, nie są protokołami z rozmów, które prowadził z urzędnikami, ale "ubocznymi zapiskami, które przy okazji służby sporządzały: jaki jest jego sposób zachowania, co może w przyszłości ewentualnie zrobić i jak to miało służyć władzom". Arcybiskup podkreślił, że sam wystąpił o dokumenty na swój temat, choć jako dyplomata nie musiał poddawać się procedurze lustracji.