W 1975 roku SB zarejestrowała ks. Michalika bez jego wiedzy i zgody jako agenta. Kościelna Komisja Historyczna uznała, że od strony formalnoprawnej nie ma podstaw, aby stwierdzić jego rzeczywistą współpracę. On sam powiedział w czwartkowym wywiadzie, że nigdy nie współpracował z SB. - Próbuje się dziś uzdrawiać Kościół. I to jest błogosławieństwo, ale Kościół nie musi poddawać się lustracji. Kościół weryfikuje akta historyczne - czy są one prawdziwe, czy nie - z własnej woli. Kościół nie podlega tym kryteriom, a jednak je podjął, żeby pomóc społeczeństwu. Bo nie będzie ono zdrowe, jeśli swoje dzieje będzie budować na historii zafałszowanej - powiedział w piątek abp Michalik. Przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski przyznał, że nie było dla niego przyjemne, by tłumaczyć się z czegoś, co nigdy nie miało miejsca. Udowadniać, że "nie mam rogów, ogona i nie mam trąby, ale myślę, że to jest konieczne, by pomóc ludziom rozeznać tamte czasy". Arcybiskup wyjaśnił, że chciał w ten sposób zachęcić także innych księży, by przedstawili własne wersje wydarzeń. Uznał to za bardzo ważną sprawę. - Księża mają prawo do dobrego imienia. Jeśli są lub pojawią się jakieś akta czy zapisy, to nie wolno opierać się tylko na tym, co pisał człowiek, który był poza Kościołem i miał za cel prześladowanie Kościoła - stwierdził abp Michalik. Dodał, że od tej chwili, gdy sam doświadczył nieprawdy, pierwszorzędnym będzie dla niego świadectwo dane przez samego księdza. - Zawsze byłem tak przekonany, a teraz mam dowód i nikt mi nie będzie mógł powiedzieć, że ja błądzę, darząc zaufaniem prześladowanego, ściganego księdza, a nie tego, który pisał i miał za cel wykazać się pracą wobec swego przełożonego - powiedział metropolita przemyski. Wyjaśnił przy tym, że nawet nie potępia takiego człowieka, ale nie może zaakceptować tego stylu postępowania. - Dlatego gromadzimy archiwum i kiedyś zechcemy to wydać. Pokazać, że męczennikami tamtego systemu byli nie tylko ks. Popiełuszko, Zych, Niedzielak, czy inni księża, gdyż formy prześladowania w relacji do środowiska kościelnego były w tamtych latach znacznie szersze - stwierdził abp Michalik. Zdaniem abpa najbardziej potrzebują lustracji byli pracownicy służb bezpieczeństwa.