Śledztwo pionu śledczego IPN z Białegostoku, które trwało od sierpnia 2000 r., umorzono 30 czerwca tego roku. Według IPN, mordu dokonała 10 lipca 1941 r. ok. 40-osobowa grupa polskiej cywilnej ludności, która miała w nim "rolę decydującą", ale inspiratorami byli Niemcy, choć ich roli do końca nie da się ustalić. Co najmniej 300 osób "płci obojga w różnym wieku" spalono żywcem w stodole w Jedwabnem, a co najmniej 40 innych zabito wcześniej w nieustalony sposób, gdy Żydów gromadzono na rynku miasteczka - przyjął IPN. Śledztwo IPN wykluczyło, aby w Jedwabnem zamordowano 1600 Żydów. Tezę o takiej liczbie ofiar postawił w wydanej w 2000 r. książce "Sąsiedzi" Jan Tomasz Gross. Publikacja zapoczątkowała wielką debatę o stosunkach polsko-żydowskich. Prokurator Radosław Ignatiew, który umorzył śledztwo, nie umiał odpowiedzieć na pytanie, czy do tej zbrodni doszłoby, gdyby nie obecność i inspiracja Niemców. - To pytanie o moralność sprawców - tak odpowiedział dzisiaj na konferencji prasowej w Ministerstwie Sprawiedliwości. Dodał, że przyjmuje się, że kilka dni przed 10 lipca, komando SS, które mogło być w Jedwabnem, przebywało w pobliskim Radziłowie, gdzie doszło do podobnego mordu. Ignatiew nie odpowiedział na pytanie, czy także śledztwo w sprawie mordu w Radziłowie zostanie umorzone. Szef pionu śledczego IPN prof. Witold Kulesza podkreślił, że jeden ze 111 świadków przesłuchanych w śledztwie, zeznał, iż wraz z innymi Polakami zakopywał ciała ofiar Jedwabnego pod nadzorem niemieckich żandarmów, którzy śmiali się i mówili: "Was czeka to samo". - Jeżeli nadzorowali oni zakopywanie zwłok, to byłoby sprzeczne z tym ustaleniem przyjęcie, że zbrodnia była dokonana na własną rękę mieszkańców - oświadczył Kulesza. Dodał, że to tylko jedna z podstaw tezy o inspiracji hitlerowców, którzy zapewnili ponadto polskim sprawcom poczucie bezkarności. Kulesza dodał, że niektórzy świadkowie prosili IPN o zachowanie anonimowości, gdyż obawiali się, że upublicznienie ich zeznań "narazi ich na przykrości". Prezes IPN Leon Kieres zapowiedział, że wszystkie dokumenty śledztwa zostaną opublikowane przez Instytut, choć zastrzegł, że może to spowolnić "bariera finansowa". Dane świadków zostaną zanonimizowane. Opublikowane zostanie postanowienie prawomocne. Na decyzję o umorzeniu może bowiem złożyć zażalenie do centrali IPN 12 członków rodzin ofiar zbrodni, którzy mają w postępowaniu prawa pokrzywdzonych (10 z nich mieszka w Izraelu). Załącznikiem do postanowienia o umorzeniu śledztwa jest lista ustalonych ofiar mordu. Akta śledztwa liczą 34 tomy. Z wydanych pod koniec 2002 r. przez IPN dwóch tomów studiów i dokumentów pt. "Wokół Jedwabnego" wynika, że latem 1941 r., po agresji Niemiec na ZSRR, na Podlasiu doszło w sumie do 22 antyżydowskich wystąpień ludności rozumianych jako zemsta za domniemaną, a niekiedy rzeczywistą, kolaborację z sowieckim okupantem tych ziem w latach 1939-1941. Według Ignatiewa, śledztwo IPN trwa tylko w sprawie Radziłowa. Wyjaśnił, że praca pionu śledczego IPN nie polega na badaniu wszystkich tych zbrodni, lecz tylko tych, co do których uzyskano dane, że "w przeszłości nie zrobiono tego, co należy". Dodał, że nie można było np. drugi raz badać tych spraw, które po wojnie były już osądzone. Leon Kieres ujawnił, że w archiwach IPN jest udokumentowanych kilkadziesiąt przypadków skazania po wojnie Polaków za zabójstwa Żydów w czasie wojny. O zamiarze umorzenia postępowania IPN poinformował już przed rokiem, tuż przed przypadającą 10 lipca 61. rocznicą wydarzeń w Jedwabnem. Od tamtego czasu trwało przygotowywanie uzasadnienia i czynności końcowe, które jednak nie zmieniło tamtych ustaleń. Postępowanie zakończyło się umorzeniem, bo - jak uzasadniał IPN - nie wykryto innych sprawców zbrodni niż ci, którzy już za to odpowiedzieli przed polskim sądem po wojnie, a nie ma wystarczających dowodów na postawienie zarzutów innym osobom. W lipcu 2001 r., z udziałem licznych gości, odbyły się w Jedwabnem uroczystości żałobne, podczas których otwarto cmentarz ofiar, a prezydent Aleksander Kwaśniewski przeprosił Żydów w imieniu swoim "i tych Polaków, których sumienie jest poruszone tamtą zbrodnią".