Wykluczenia Palikota z PO domaga się europoseł Platformy Filip Kaczmarek, w związku z wypowiedziami dotyczącymi prezydenta Lecha Kaczyńskiego - m.in. o potrzebie zbadania, czy Kaczyński nie był pod wpływem alkoholu, gdy wchodził na pokład samolotu, który rozbił się pod Smoleńskiem. Krajowy Sąd Koleżeński PO na tym samym posiedzeniu zajmie się wnioskiem posła PO Stanisława Żmijana o ukaranie Kaczmarka. Żmijan uważa, że Kaczmarek swoim postępowaniem związanym z wnioskiem o wykluczenie Palikota naruszył zasady regulujące stosunki między członkami PO i nie działał w interesie partii. Tyburski powiedział, że ze względu na sezon urlopowy nie dało się ustalić wcześniejszego terminu posiedzenia sądu. - Sędziowie są na urlopie, strony są na urlopie. Poseł Palikot powołuje sporo świadków spośród posłów, poseł Kaczmarek ma swoich świadków - również parlamentarzystów. Dlatego uznałem, że termin wrześniowy będzie najlepszy - argumentował. Kaczmarek złożył wniosek o wykluczenie Palikota z PO w lipcu. Wypowiedzi Palikota dotyczące Lecha Kaczyńskiego nazwał "nieetycznymi" i "hańbiącymi". Według Kaczmarka, wypowiedzi Palikota szkodzą PO, a kary wymierzane mu dotychczas nie odniosły skutku. Pytany czy liczy na to, że Palikot naprawdę zostanie wyrzucony z PO, Kaczmarek odpowiadał: "nosił wilk razy kilka, ponieśli i wilka". Poszło o słowa Palikota z konferencji prasowej w Lublinie, kiedy to szef lubelskiej PO mówił, że "trzeba wyraźnie przypomnieć, że najbardziej prawdopodobną hipotezą dotyczącą tragedii smoleńskiej jest hipoteza współwiny Lecha Kaczyńskiego za tę tragedię". Zdaniem Palikota należy w tej sprawie szukać odpowiedzi na szereg pytań: Czy zostały pobrane próbki krwi z ciała Lecha Kaczyńskiego? Czy w dniu katastrofy prezydent znajdował się pod wpływem alkoholu? Dlaczego Lech Kaczyński spóźnił się o 25 minut na samolot? O czym rozmawiali z Jarosławem Kaczyńskim przed katastrofą? Dlaczego Jarosław Kaczyński w Smoleńsku nie zidentyfikował ciała Marii Kaczyńskiej? Czy nie było presji na pilota, by lądować w złych warunkach atmosferycznych? To właśnie wypowiedź Palikota o tym, że należy sprawdzić, czy Lech Kaczyński w dniu katastrofy nie był pod wpływem alkoholu najbardziej zbulwersowała Kaczmarka. Członek Platformy może być ukarany za nieprzestrzeganie postanowień statutu, niestosowanie się do uchwał władz partii, postępowanie w sposób sprzeczny z jej programem, za dopuszczenie się czynów "nieetycznych lub hańbiących" i inne działanie na szkodę Platformy. Karami wymierzanymi przez sądy koleżeńskie są: upomnienie, nagana, zawieszenie w prawach członka na okres od 6 miesięcy do 2 lat oraz wykluczenie z PO. Palikot kilkakrotnie był już karany upomnieniem, dostawał też nagany - m.in. za wywiad dla dziennika "Polska", w którym nazwał o. Tadeusza Rydzyka szatanem oraz oskarżył go o kradzież pieniędzy i sianie nienawiści. Został też - za wypowiedź pod adresem byłej minister rozwoju regionalnego Grażyny Gęsickiej - usunięty ze stanowiska szefa komisji Przyjazne Państwo. Odnosząc się do zarzutów Gęsickiej, że rząd nie wykorzystuje unijnych dotacji, Palikot powiedział: "Przykro mi, że prostytucja w polityce sięga nawet pani minister Gęsickiej. Nie myślałem nigdy, że ona się tak prostytuuje". Za te słowa Gęsicką przeprosił premier Donald Tusk, który ocenił, że Palikot "przekroczył granice elementarnej przyzwoitości". Odwołany w styczniu 2009 r., w październiku tego samego roku Palikot ponownie został przewodniczącym komisji Przyjazne Państwo. Po przetasowaniach we władzach klubu - kiedy Grzegorz Schetyna został marszałkiem Sejmu, a na stanowisku szefa klubu zastąpił go Tomasz Tomczykiewicz - Palikot nie został ponownie wiceprzewodniczącym klubu. Schetyna zapowiadał zresztą, że Palikot nie wejdzie do nowych władz klubu, przyznał też, że nie czuje się dobrze w jednej partii z Palikotem. Niezależnie od decyzji Krajowego Sądu Koleżeńskiego Palikotowi będzie przysługiwało odwołanie od niej. Odwołanie to rozpatrzy również sąd partyjny.