Podczas drugiego czytania posłowie opozycji zgłosili 13 poprawek, ale żaden wniosek nie został poparty przez komisję. Wśród poprawek, które uzyskały negatywną opinię, był m.in. zapis o wymogu weryfikacji wydawania środków w trybie przewidywanym przez projekt. Inna poprawka zmieniała tytuł ustawy, aby jej działanie nie było zawężone tylko do 2020 r. Kolejna przewidywała, że zmiany można by stosować do końca 2021 r. "Ustawa przewiduje niezbędne mechanizmy pomocowe" Minister funduszy i polityki regionalnej Małgorzata Jarosińska-Jedynak zapewniła, że jeżeli Komisja Europejska zgodzi się na przedłużenie stosowania procedur określonych w nowelizacji dłużej niż do końca tego roku, to odpowiednia zmiana zostanie wprowadzona. Pierwsze czytanie projektu miało miejsce na posiedzeniu sejmowej komisji finansów w środę. Jarosińska-Jedynak mówiła wówczas, przedstawiając projekt, że konieczne jest niezwłoczne wprowadzenie rozwiązań, które umożliwią podjęcie działań niwelujących wpływ pandemii na wdrażanie i realizację programów operacyjnych. Minister wskazała, że "w przypadku projektów, których realizacja w pełnym zakresie nie będzie możliwa, ustawa przewiduje niezbędne mechanizmy pomocowe dla beneficjentów, aby mogli kontynuować swoją podstawową działalność i nie stracili szansy na dofinansowanie swoich kolejnych przedsięwzięć realizowanych w terminach późniejszych". Dodała, że są wprowadzane też czasowe odstępstwa od obowiązujących ogólnych zasad wdrażania, realizacji i rozliczania projektów w ramach programów operacyjnych. Zaznaczyła, że jeżeli projekt nie obejmuje jakiejś sytuacji, to stosowana będzie obecnie obowiązująca tzw. ustawa wdrożeniowa. Co zakłada projekt? W uzasadnieniu do rządowego projektu napisano, że ustawa wprowadza regulacje, których celem jest płynna realizacja i rozliczenie projektów dofinansowanych w ramach programów operacyjnych, w warunkach kryzysu wywołanego pandemią koronawirusa. Projekt przewiduje m.in. możliwość uznania za kwalifikowane wydatków na cele niezrealizowane z powodu pandemii oraz wydłużenia terminów składania wniosków w konkursach oraz terminów uzupełniania i wprowadzania poprawek we wnioskach. Pozwala na wydłużanie terminu przekazania wniosków o płatność i wprowadzanie nadzwyczajnego trybu wyboru projektów czy udzielanie ulg w spłacie należności. Proponowane przepisy dają możliwość pracy zdalnej komisji oceniających projekty, komitetów monitorujących, a nawet kontroli i audytów. Ponadto, w przypadku gdy nie będzie możliwe przeprowadzenie oceny "zza biurka", będzie można je zawiesić. Przewidziano również możliwość przedłużenia terminów w postępowaniach administracyjnych albo ich zawieszenia i wstrzymania wykonania decyzji. Uzasadnione niedotrzymanie warunków umowy o dofinansowanie nie będzie skutkować wykluczeniem z możliwości otrzymania środków europejskich w kolejnych konkursach. W ocenie skutków regulacji (OSR) napisano, że oczekiwanym efektem projektowanych przepisów jest między innymi zapewnienie płynności realizacji i rozliczania projektów dofinansowanych w ramach programów operacyjnych. Zauważono, że projektowana ustawa, co do zasady będzie miała zastosowanie do programów operacyjnych perspektywy finansowej 2014-2020, ale proponuje się, aby jej przepisy mogły być również stosowane do środków podlegających ponownemu użyciu z programów operacyjnych perspektywy finansowej 2007-2013 oraz 2014-2020, oraz do realizacji i rozliczania Mechanizmu Finansowego Europejskiego Obszaru Gospodarczego, Norweskiego Mechanizmu Finansowego oraz Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy.