Badacze z Instytutu Nenckiego pracują nad procedurami grupowych testów na koronawirusa
Naukowcy z Instytutu Nenckiego PAN rozpoczęli prace nad protokołami umożliwiającymi testowanie grupowe w diagnostyce COVID-19. "Dzięki temu wydajność testów może się zwiększyć z 10 do 100 tysięcy próbek dziennie" - oceniają badacze.
W założeniu autorów projektu SONAR Anty-CoronaVirus można byłoby testować jednocześnie całe grupy osób szczególnie narażonych na COVID-19, np. pensjonariuszy domów opieki społecznej czy pracowników oddziałów szpitalnych.
Zespół pod kierunkiem prof. Agnieszki Dobrzyń w ciągu najbliższych kilku tygodni ma wypracować strategię związaną z masowym testowaniem genetycznym - poinformował Instytutu Nenckiego PAN w Warszawie w przesłanym PAP komunikacie.
"Według danych z sanepidu, odsetek prób pozytywnych testów na SARS-CoV-2 wynosi mniej niż 5 proc. To oznacza, że 95 proc. testów wykonywanych w Polsce stanowią testy negatywne. Poprzez testowanie grupowe moglibyśmy więc łatwo odrzucać te osoby, które nie są nosicielami wirusa, poprzez wykonanie kilku, a nie kilkuset testów" - wyjaśnia prof. Agnieszka Dobrzyń.
Metoda testowania masowego polega na mieszaniu ze sobą próbek pochodzących od kilkudziesięciu osób. Jeśli wynik badania jest pozytywny, materiał genetyczny pochodzący od tych osób rozdziela się na dwie grupy i każdą testuje osobno. Może się okazać, że jedna z tych połówek da wynik negatywny, druga pozytywny. Wtedy powtarza się całą operację już na znacznie mniejszej liczbie próbek i wychwytuje osoby zakażone. W rezultacie zamiast kilkudziesięciu testów przeprowadzonych na całej grupie, wykonuje się zaledwie kilka.
Testowanie grupowe na masową skalę
"Testowanie grupowe jest stosowane i niezwykle efektywne w wykrywaniu różnych chorób wirusowych, m.in. HIV, HBV, HCV, czy wirusa grypy" - wyjaśniono w komunikacie.
Instytut Nenckiego informuje, że w ciągu ostatnich tygodni ośrodki w Izraelu, Indiach, Niemczech i USA zbadały i potwierdziły przydatność testowania grupowego w diagnostyce SARS-CoV-2. To dlatego w tych krajach diagnozuje się ludzi na tak masową skalę, nawet jeśli zakażenie przechodzą bezobjawowo. W połowie kwietnia Indian Council Of Medical Research zaleciło stacjom diagnostycznym w Indiach stosowanie testów grupowych i zostały one wdrożone w wielu stanach, m.in. w stanie Uttar Pradesh.
Testowanie grupowe nie było do tej pory stosowane w Polsce, ponieważ nie istniał protokół diagnostyczny, pozwalający to skutecznie robić. I na tym właśnie polega zadanie zespołu z Instytutu Nenckiego PAN: na stworzeniu procedur, które zagwarantują wiarygodne wyniki" - piszą przedstawiciele Nenckiego.
W ramach projektu SONAR Anty-CoronaVirus naukowcy ustalą optymalną wielkość badanej jednorazowo grupy, oraz jak bardzo można rozcieńczać pobrany materiał - tak, by wirus był jeszcze wykrywalny. Na tym etapie posłużą się materiałem uzyskanym z Sanepidu, będą to prawdziwe pozytywnie zweryfikowane próbki.
"Znaleźć na tyle czuły test, żeby wykrywał obecność wirusa na niskim poziomie"
"Mamy doniesienia, że w innych krajach testuje się jednocześnie do kilkudziesięciu próbek. Standardem jest 32, ale my w naszych badaniach planujemy przetestować możliwość łączenia prób aż do 64. Oczywiście, teoretycznie im większa grupa, tym lepsza, bo mniej testów trzeba wykonać, by postawić diagnozę i wynik uzyskuje się dużo szybciej. Aczkolwiek istnieje niebezpieczeństwo, że jeżeli w tej dużej grupie będzie jedna pozytywna, a stężenie wirusa w niej bardzo małe, to możemy jej nie wykryć. Kluczowe jest więc, żeby znaleźć na tyle czuły test, żeby wykrywał obecność wirusa na niskim poziomie" - opisuje prof. Dobrzyń.
Stąd kolejny etap projektu SONAR Anty-CoronaVirus, w ramach którego naukowcy przetestują wszystkie dostępne na rynku testy genetyczne wykrywające obecność SARS-CoV-2. W tym najnowszy wynalazek naukowców z Instytutu Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Chodzi o to, żeby znaleźć taki, który będzie dawał najmniejszy odsetek wyników fałszywie negatywnych.
Na koniec, przy współpracy ze specjalistami z Instytutu Informatyki, Wydziału Informatyki, Matematyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego powstanie specjalne oprogramowanie wskazujące diagnostom, które próbki mogą połączyć w jedną grupę testową. Chodzi o wytypowanie takiej grupy pacjentów, u których prawdopodobieństwo, że mogą być zarażeni jest podobne. Dzięki temu wyniki będą bardziej wiarygodne.
"Moglibyśmy wejść w skalę nawet stu tysięcy testów dziennie"
"To mogą być pensjonariusze Domów Opieki Społecznej, pracownicy jednego oddziału szpitalnego - lekarze, pielęgniarki. Badanie można byłoby przeprowadzać każdego dnia, tak, by ludzie mieli pełen komfort pracy i wiedzieli, że wszyscy, z którymi się spotykają, są zdrowi, a po drugie, by jak najszybciej wychwycić zakażenie, jeśli się pojawi w tej grupie" - mówi prof. Dobrzyń.
Co najważniejsze, w ten sposób opracowane procedury testowania grupowego można uruchomić na istniejącym już w Polsce zapleczu diagnostycznym. "Przy tej samej liczbie testów, aparatów qPCR, laboratoriów diagnostycznych, które mają uprawnienia do robienia tego typu analiz moglibyśmy wejść w skalę nawet stu tysięcy testów dziennie. Przy czym, przez test mam na myśli przetestowaną próbkę" - dodaje prof. Dobrzyń.
Jak wynika z obecnych prognoz, wirus SARS-CoV-2 zostanie z nami na dłużej, możliwe, że na całe lata. "Strategia testowania grupowego będzie przydatna na każdym etapie rozwoju epidemii" - podkreśla prof. Dobrzyń. Wiele osób przechodzi COVID-19 bezobjawowo i nie zdaje sobie sprawy z tego, że zaraża.
Projekt SONAR Anty-CoronaVirus jest realizowany przy wsparciu środków Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
