Wcześniej został podpisany akt wmurowania muzeum, który umieszczono w tubie i wmurowano wraz z kamieniem węgielnym. Był to głaz znaleziony przez archeologów w czasie prac poprzedzających budowę placówki, na terenie działki, gdzie powstanie muzeum. Muzeum II Wojny Światowej powstanie przy ul. Wałowej, blisko historycznego centrum miasta, na usytuowanej nad Motławą działce liczącej 1,7 h powierzchni. W naziemnej części budynku, która ma mieć sześć poziomów użytkowych, znajdą się m.in. biblioteka, sale wykładowe i kawiarnia. Umieszczona w podziemiu wystawa główna muzeum ma zająć ok. 6 tys. mkw. powierzchni. W nowoczesny sposób ma ona prezentować II wojnę światową zarówno z perspektywy ówczesnej wielkiej polityki, jak i przeżyć zwykłych ludzi. Ekspozycja ma pokazywać nie tylko losy Polaków, ale też doświadczenia innych narodów. Poza wystawą stałą w muzeum znajdzie się także około tysiąca metrów powierzchni na wystawy czasowe. Oprócz funkcji wystawienniczych muzeum ma pełnić rolę ośrodka edukacji, kultury i nauki. Placówka będzie prowadzić badania naukowe i działalność wydawniczą oraz pełnić funkcję centrum spotkań krajowych i międzynarodowych.