Mimo że Kościół dysponował o wiele uboższymi środkami, wyszedł z batalii zwycięsko. Masowy udział Polaków w uroczystościach religijnych, które odbywały się przez cały rok, potwierdził ich przywiązanie do wiary i ostatecznie osłabił poparcie społeczne dla ekipy Władysława Gomułki. W 1957 r. z inicjatywy prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego episkopat ogłosił Wielką Nowennę, czyli 10-letni program duszpasterski, którego zwieńczeniem miały być uroczystości upamiętniające przyjęcie chrztu przez Mieszka I. Rok później Sejm uchwalił obchody tysiąclecia państwa polskiego. - Rozpoczęła się w nowych warunkach walka o to, kto ma kierować narodem, kto ma sprawować rząd dusz w narodzie" (za "Od niepodległości do niepodległości" red. Piotra Chojnackiego) - tak ówczesną sytuację na froncie ideologicznym ocenił przewodniczący Komisji KC PZPR ds. Kleru Zenon Kliszko. I nie mylił się. "Milenium kościelne podważało wpływy państwowej polityki ateizacyjnej; tym samym szło na przekór władzom i siłą rzeczy wkraczało w politykę" - napisał Bartłomiej Noszczak w artykule "Milenium i Tysiąclecie" ("Biuletyn IPN" nr 5/2006). Partia przyjęła nową, inną niż w latach stalinowskich, taktykę walki z Kościołem. Postanowiła nie sięgać po bezpośrednie represje i prześladowania. Gomułka zdawał sobie sprawę, że tego typu działania przysparzają Kościołowi męczenników i przynoszą rezultaty przeciwne do zamierzonych. Pomysł komunistów był prosty: należało zorganizować atrakcyjne kontrobchody tysiąclecia, utrudnić wiernym udział w uroczystościach kościelnych i obniżyć ich rangę, nie wpuszczając do Polski gości z zagranicy. W latach poprzedzających rok jubileuszu władza realizowała program budowy "Tysiąca szkół na Tysiąclecie" i zadrzewiania kraju. Na sam 1966 r. zaplanowała cykl uroczystości upamiętniających najważniejsze wydarzenia z historii Polski. Odbywały się one zawsze w czasie obchodów kościelnych i to z pompą. Były międzynarodowe mecze piłkarskie i spektakularne festyny. Jak na wojnie, na propagandowym froncie, nie zabrakło huku wystrzałów. Gdy podczas uroczystości gnieźnieńskich w kwietniu 1966 r. "wierni rozpoczynali śpiew 'Boże coś Polskę', na pobliskim placu odezwały się armaty" - piszą autorzy książki "Od niepodległości do niepodległości". Nie były to bynajmniej salwy honorowe na cześć Chrystusa i Kościoła, lecz Wojska Polskiego, które wspominało 21. rocznicę forsowania Odry i Nysy Łużyckiej. By uniemożliwić udział wiernym w - jak to określała władza - "imprezach religijnych", zgodnie z decyzją ministra komunikacji, w dniach uroczystości kościelnych zmniejszano składy pociągów, uniemożliwiano wykorzystanie transportu samochodowego i nie udzielano pozwoleń na przemarsz pielgrzymek. Na drogach do miast milenijnych, w tym przede wszystkim do Częstochowy, niespodziewanie przeprowadzano remonty, utrudniające ruch. Rządzący nie zgodzili się na przyjazd Ojca Świętego Pawła VI na centralne uroczystości milenijne na Jasnej Górze 3 maja 1966 r. Przeliczyli się jednak, bo Rzym mianował legatem papieskim prymasa Wyszyńskiego, przyczyniając się tym samym jeszcze do wzrostu jego popularności. Wymownym znakiem był także pusty tron papieski. Władze zamknęły granice także przed 700 hierarchami zaproszonymi przez Episkopat Polski. Ambasady i konsulaty PRL dostały zakaz wydawania im wiz do Polski. Pierre Buhler w książce "Polska droga do wolności" pisze, że odmawiały one zachodnim biskupom możliwości przyjazdu, argumentując brakiem miejsc w hotelach i niemożliwością przyjęcia tak wielu gości naraz. Nie zabrakło osobistych ataków I sekretarza KC PZPR Władysława Gomułki na kard. Stefana Wyszyńskiego. Gdy trwały obchody Milenium w Poznaniu, Gomułka mówił o "ograniczonym i wyzbytym narodowego poczucia odpowiedzialności (...) umyśle przewodniczącego episkopatu polskiego oraz wojującym z naszym państwem ludowym nieodpowiedzialnym pasterzu pasterzy". Nie obyło się także bez użycia bardziej drastycznych metod. ZOMO rozpędziło brutalnie tłum wiernych po uroczystościach religijnych w Krakowie, Gdańsku i Warszawie. Aberracją było zaaresztowanie we wrześniu 1966 r. kopi obrazu Matki Bożej Częstochowskiej peregrynującej po kraju. Ikona została uwięziona na Jasnej Górze i strzeżona przez milicję przed nielegalnym wywiezieniem. Kościół odpowiedział na to pielgrzymką po Polsce pustych ram obrazu. Zdaniem historyka Bartłomieja Noszczaka, inspirowany przez rządzących konflikt z Kościołem nie przyniósł rezultatów oczekiwanych przez ekipę Gomułki. Przeciwnie, episkopat wzmocnił swoje struktury, zdobył większe zaufanie i skonsolidował wiernych. Uroczystości milenijne stały się swego rodzaju "głosowaniem nogami". Przybywający na nie ludzie dali wyraz swego sprzeciwu wobec władz Polski Ludowej.