Dziennikarka Radia Kraków Magdalena Wadowska ustaliła, że dokumenty nie mogły zniknąć w sposób, o jakim mówi znana, oficjalna wersja. Według niej, dokumenty uległy zniszczeniu w skrytce, w której ukryto je przed Niemcami na czas drugiej wojny światowej. Podawano, że gdy otwarto skrytkę po wojnie, w szklanym słoju znaleziono tylko szczątki po dwóch pergaminach Kazimierza Wielkiego i Władysława Jagiełły. Przeprowadzone z okazji jubileuszu 650-lecia UJ badania słoja wykazały jednak, że ich tam nie ma - przyznaje Anna Zielińska-Żukowska, konserwator Muzeum UJ. Konserwatorom ciężko jest bowiem uwierzyć, że z powodu złych warunków przechowywania dokumenty uległy takiemu zniszczeniu, aby nie można było odnaleźć nawet drobnych szczątków.Po dokumentach fundacyjnych UJ pozostały jedynie kopie wykonane w latach 50-tych. Dokumenty fundacyjne UJ mają nieocenioną wartość dla polskiej kultury. Takimi dokumentami dysponuje wyjątkowo mało uniwersytetów na świecie. W czasie II wojny światowej zniknęły podobne dokumenty Uniwersytetu Praskiego.