Pod koniec lata 1944 roku, gdy malała liczba transportów z Żydami, Niemcy zaczęli sukcesywnie likwidować więźniów Sonderkommanda. We wrześniu zgładzili około 200 osób. Pozostali zdali sobie sprawę z zagrożenia i zaplanowali bunt. Sygnałem do walki miało być podpalenie krematorium W przygotowaniach pomagali im jeńcy sowieccy, również wcieleni do Sonderkommanda. Plan zakładał wysadzenie krematoriów, podpalenie baraków, przecięcie drutów i masową ucieczkę. Więźniowie dysponowali prymitywnymi granatami, do wykonania których użyli materiału wybuchowego zdobytego od więźniarek pracujących przy demontażu starych samolotów. Niemcy szybko wpadli na ich trop, co sprowadziło represje i liczne ofiary. 7 października 1944 roku rano obozowy ruch oporu zawiadomił buntowników, że SS zamierza zgładzić 300 członków Sonderkommanda. Żydzi postanowili walczyć. Organizatorami buntu byli polscy Żydzi: Jankiel Handelsman, Josef Deresiński, Załmen Gradowski, Josef Darębus. Sygnałem do walki miało być podpalenie krematorium. Wrzucili kapo do pieca krematoryjnego O godzinie 13.25 SS-mani przyszli, by zabrać więźniów z krematorium IV. Zostali zaatakowani przez więźniów uzbrojonych w kamienie, młotki i siekiery. Podpalono krematorium. Akcję podjęli także osadzeni w krematorium II, którzy rzucili się na oberkapo i żywcem wrzucili go do pieca krematoryjnego. Następnie przecięli druty obozowe i zaczęli uciekać w stronę wsi Rajsko. Tam zabarykadowali się w stodole. Niemcy obrzucili ją granatami wzniecając pożar. Wielu Żydów zabili seriami z karabinów maszynowych. W walce zginęło około 250 więźniów, wśród nich organizatorzy buntu. Około 200 ocalałych i zatrzymanych rozstrzelano wkrótce potem. Liczba osób w Sonderkommando zmniejszyła się po buncie z 663 do 212. Pozostałych przy życiu Niemcy umieścili w krematorium III. Po stłumieniu buntu Niemcy wszczęli dochodzenie, skąd więźniowie mieli proch. Ustalili, że dostarczały go żydowskie dziewczęta zatrudnione w fabryce: Roza Robota, Ala Gaertner, Regina Safirsztain i Estera Wajcblum. Zostały powieszone w styczniu 1945 roku, na 21 dni przed wyzwoleniem obozu. Spośród więźniów Sonderkommand obóz przeżyło zaledwie kilkudziesięciu, m.in. Alter Feinsilber (Stanisław Jankowski), Szlama Dragon, Henryk Tauber, Shlomo Venzia (zmarł 1 października 2012 roku), a także Henryk Mandelbaum. Z tej grupy w Polsce pozostał jedynie Mandelbaum. Zamieszkał w Gliwicach. Zmarł 17 czerwca 2008 roku. Żydzi z Sonderkommanda Pierwsze Sonderkommando powstało, by obsługiwać krematorium I w obozie macierzystym Auschwitz, w którym już latem 1941 roku palono ciała ofiar gazowania Cyklonem B. Obersturmbannfuehrer SS Adolf Eichmann, organizator masowej zagłady Żydów, zalecał, by członków Sonderkommando mordować po każdej większej akcji palenia zwłok. W praktyce czyniono to co kilka miesięcy, pozostawiając przy życiu palaczy, mechaników i funkcyjnych. Jedno z pierwszych Sonderkommand liczyło 80 więźniów. Zgładzono ich latem 1942 roku. Na początku lata 1944 r., gdy do Birkenau docierały transporty z Żydami węgierskimi, liczyło ono około 900 osób. Więźniowie ci zawsze byli odizolowani. Przetrzymywano ich w bloku nr 11 na terenie KL Auschwitz lub w odseparowanym bloku w Auschwitz II-Birkenau, a od 1944 roku - w niektórych pomieszczeniach krematoriów. Niemcy założyli obóz Auschwitz w 1940 roku, aby więzić w nim Polaków. Auschwitz II-Birkenau powstał dwa lata później. Stał się miejscem zagłady Żydów. W kompleksie obozowym funkcjonowała także sieć podobozów. W Auschwitz Niemcy zgładzili co najmniej 1,1 mln osób, głównie Żydów, a także Polaków, Romów, jeńców sowieckich i osób innej narodowości.