Andrzej Pilecki, który uczestniczył w pracach ekshumacyjnych ofiar zbrodni komunistycznych, powiedział, że razem z siostrą Zofią przez wiele lat byli przeciwni poszukiwaniu miejsca spoczynku ojca. "Już dawno uzgodniliśmy, że nie będziemy szukać jego szczątków. Dzięki temu, że nauka idzie do przodu, istnieje jednak spore prawdopodobieństwo, że uda się je odnaleźć. Mam nadzieję, że będziemy mieli gdzie składać kwiaty" - mówił syn rotmistrza. Jak dodał, zawsze najważniejsze dla niego było to, że jego "ojciec był wszędzie", gdyż na całym świecie się o nim mówi, stawia mu się pomniki, jego imieniem nazywa się szkoły. Uczestniczący w ekshumacjach naukowcy z Zakładów Medycyny Sądowej we Wrocławiu i w Szczecinie przeprowadzili z Pileckim ankietę w celu uzyskania jak największej ilości informacji o jego ojcu, m.in. dotyczących cech fizycznych i przebytych chorób. Jak mówił podczas badania Pilecki, ojciec uskarżał się na ból stawu barkowego, miewał dolegliwości reumatyczne, podczas pobytu w Auschwitz wybito mu dwa zęby. Ponadto w czasie ucieczki z obozu został postrzelony w lewę ramię, choć postrzał nie naruszył kości. Pilecki mówił, że w chwili śmierci ojca miał 16 lat. "Gdy go ostatni raz widziałem, był bardzo smutny, przejmował się losem aresztowanych członków podziemia, którzy się ujawniali. Miał 8 maja wrócić na imieniny naszego wuja Stanisława; niestety nie pokazał się, bo został aresztowany" - wspominał. 8 maja 1947 r. Witold Pilecki został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa. Był torturowany, został oskarżony o działalność wywiadowczą na rzecz rządu RP na emigracji. 3 marca 1948 r. przed Rejonowym Sądem Wojskowym w Warszawie rozpoczął się jego proces. 15 marca 1948 r. rotmistrz został skazany na karę śmierci. Prezydent Bolesław Bierut nie zgodził się na ułaskawienie. Wyrok wykonano 25 maja w więzieniu mokotowskim przy ul. Rakowieckiej, poprzez strzał w tył głowy. "O zamordowaniu ojca dowiedziałem się bardzo późno, mama wiedziała o jego śmierci trochę wcześniej" - mówi Pilecki. Jak przypomniał, po 1948 r. komuniści nadal interesowali się rodziną Pileckich. "Czuwali nad nami, utrudniali nam m.in. studia. Siostrę wyrzucili z uczelni, mama nie mogła zdobyć pracy. Nie były to straszne represje, ale było ciężko" - opowiada. Na pytanie o to, czy ma nadzieję na rozliczenie wciąż żyjących sprawców zbrodni komunistycznych, odpowiedział: "Nie jestem mściwy, nie chcę ich rozliczać dawno po fakcie. Straciliśmy wszystko na Wschodzie, choć mieliśmy tam spokojne życie. To jest jednak nie do odrobienia. Budujemy nowe życie". Pilecki wspomina ojca jako patriotę, wzorowego ojca i obywatela. "Nigdy nic złego o nim nie usłyszałem. Zawsze dbał, abyśmy byli dobrze rozwinięci umysłowo i fizycznie; wymyślał gry, ręcznie robił szachy. Kochał ojczyznę (...). Ucieszę się, jeśli będę mógł złożyć kwiaty w miejscu, gdzie spoczywają jego szczątki". Obszar, na którym prowadzone są ekshumacje - tzw. kwatera na Łączce - to miejsce, gdzie w latach 1948-1956 pochowano kilkuset zmarłych i straconych w więzieniu mokotowskim w Warszawie. IPN ma nadzieję, że obok miejsca pochówku rotmistrza Pileckiego uda się odnaleźć szczątki m.in. gen. Augusta Emila Fieldorfa "Nila" - szefa Kedywu Komendy Głównej Armii Krajowej, mjr. Zygmunta Szendzielarza "Łupaszki" - dowódcy 5. Brygady Wileńskiej i ppłk. Łukasza Cieplińskiego - przywódcy Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość".