Trzech spośród skazanych w procesie zmarło w sowieckich więzieniach: ostatni dowódca AK gen. Leopold Okulicki "Niedźwiadek", wicepremier i delegat Rządu na Kraj Jan Stanisław Jankowski oraz Stanisław Jasiukowicz, członek Rady Ministrów na Kraj ze Stronnictwa Narodowego. Przywódcy Polskiego Państwa Podziemnego aresztowani zostali przez NKWD w Pruszkowie 27 i 28 marca 1945 r., a następnie przewiezieni do Moskwy i osadzeni w więzieniu na Łubiance. Sowieccy oficerowie, zapraszając ich wcześniej na rozmowy z przedstawicielem dowództwa 1 Frontu Białoruskiego - gen. płk. Iwanowem (ps. Iwana Sierowa, szefa kontrwywiadu wojskowego SMIERSz), gwarantowali im całkowite bezpieczeństwo. Prof. Andrzej Garlicki oceniając podjęcie rozmów z Sowietami stwierdzał: "Można uważać, że przywódcy podziemia łatwo dali się zwabić w pułapkę zręcznie zastawioną przez gen. Iwana Sierowa (...). Ale sprawa nie była wcale taka prosta. Decyzja rozmów z władzami radzieckimi była decyzją polityczną. Zakładano możliwość aresztowania, ale przede wszystkim poszukiwano drogi do włączenia się w życie legalne. (...) Przywódcy podziemia chcieli wykorzystać wszelkie formy legalnej opozycji w zapowiadanym przez postanowienia jałtańskie systemie demokratycznym" (A. Garlicki "Historia 1939-1997/98. Polska i świat"). W sumie w sowieckim więzieniu znalazło się 16 przywódców niepodległościowego podziemia: ostatni dowódca AK gen. Leopold Okulicki "Niedźwiadek", wicepremier i delegat Rządu na Kraj Jan Stanisław Jankowski, przewodniczący Rady Jedności Narodowej Kazimierz Pużak z Polskiej Partii Socjalistycznej oraz Kazimierz Bagiński, Adam Bień i Stanisław Mierzwa ze Stronnictwa Ludowego, Stanisław Jasiukowicz, Kazimierz Kobylański, Zbigniew Stypułkowski i Aleksander Zwierzyński ze Stronnictwa Narodowego, Józef Chaciński i Franciszek Urbański ze Stronnictwa Pracy, Eugeniusz Czarnowski i Stanisław Michałowski ze Zjednoczenia Demokratycznego, Antoni Pajdak z Polskiej Partii Socjalistycznej oraz Józef Stemler-Dąbski z Departamentu Informacji i Prasy Delegatury. "Fakt aresztowania przywódców podziemia rozniósł się po całym kraju z niezwykłą szybkością i podziałał jak piorun z jasnego nieba - wspominał Stefan Korboński, który po Jankowskim objął funkcję delegata Rządu. Wprawdzie nikt nie miał żadnych złudzeń co do zasadniczych celów polityki sowieckiej, a już najmniej ci, którzy przeszli Powstanie Warszawskie i na własne oczy zobaczyli oraz na własnej skórze mieli wypisane "wyzwolenie", jednak prawie nikt nie przypuszczał, by Sowiety mogły użyć tak podłego i cynicznego podstępu (...). Wrażenie było tym bardziej silne, że o wstępnych rozmowach wiedziała tylko góra konspiracyjna. Kraj natomiast i masa podziemia dowiedziały się - z radia zagranicznego, z prasy podziemnej i z wieści szeptanych, które rozchodziły się z szybkością błyskawicy - tylko o epilogu" (S. Korboński "W imieniu Rzeczypospolitej"). "Nastąpił wybuch rozpaczy i wściekłości, co doprowadziło do stanu silnego wrzenia. Rodziły się plany dokonania jakiegoś zamachu o dużym zasięgu, jakiegoś mocnego odwetu, który by zaspokoił pragnienie zemsty i pokazał, że podziemie w dalszym ciągu istnieje i potrafi jeszcze karać. Wszyscy z napięciem i nadzieją oczekiwali na reakcję aliantów. Przyszła, ale jakżeż słaba i bez widoków na dobry skutek. Miejsce podniecenia i oczekiwania zaczęło zajmować rozczarowanie i bezgraniczne przygnębienie" - pisał S. Korboński. Aresztowani przez NKWD członkowie polskiej delegacji, po blisko trzymiesięcznym śledztwie, 18 czerwca 1945 r. stanęli w Moskwie przed Kolegium Wojskowym Sądu Najwyższego ZSRR. Na ławie oskarżonych w moskiewskiej Sali Kolumnowej Domu Związków Zawodowych zasiadło 15 przywódców Polskiego Państwa Podziemnego (Antoni Pajdak sądzony był w odrębnym procesie). Procesowi przewodniczył gen. Wasilij Ulrych, prokurator znany z pokazowych procesów politycznych z lat trzydziestych. Obok niego w składzie sędziowskim byli także Generalny Prokurator Wojskowy ZSRR gen. N. Afanasjew oraz gen. R. Rudenko, który reprezentował później Związek Sowiecki w procesie norymberskim. W przedstawionym akcie oskarżenia stwierdzono m.in. "nielegalność" Armii Krajowej oraz Rady Jedności Narodowej. Oskarżonym zarzucono zajmowanie się "terrorystycznymi aktami dywersji" i "szpiegostwem" na tyłach Armii Czerwonej, a także przygotowywanie planu "wystąpienia wojennego w bloku z Niemcami przeciwko ZSRR". W czasie procesu przesłuchano również złamanych podczas sowieckiego śledztwa żołnierzy AK, którzy obciążali gen. Okulickiego i AK, mówiąc o rzekomej współpracy z Niemcami i działaniach przeciwko Armii Czerwonej. Odpowiadając na zarzuty o kolaborację z Niemcami gen. Okulicki w wygłoszonym oświadczeni stwierdził m.in.: "Nie możecie nam dowieść, że nie walczyliśmy z Niemcami. Najlepsi patrioci i demokraci brali udział w tej walce. Oskarżenia o współpracę z Niemcami to pozbawienie honoru, to oskarżenie narodu polskiego o to, że brał udział w podziemnej walce". ("Sprawozdanie sądowe w sprawie organizatorów, kierowników i uczestników polskiego podziemia na zapleczu Armii Czerwonej 18-21 czerwca 1945 r. w Moskwie", Moskwa 1945) 21 czerwca 1945 r. ogłoszono wyrok. Gen. Okulicki skazany został na 10 lat więzienia, Jankowski na 8 lat, Bień i Jasiukowicz na kary po 5 lat, Pużak na 1,5 roku, Bagiński na rok, Zwierzyński na 8 miesięcy, Czarnowski na 6 miesięcy, Mierzwa, Stypułkowski, Chaciński i Urbański na 4 miesiące. Michałowski, Kobylański i Stemler-Dąbski zostali uniewinnieni. Trzech spośród skazanych w tzw. "procesie szesnastu" zakończyło życie w sowieckich więzieniach. Gen. Okulicki zmarł w moskiewskich Butyrkach 24 grudnia 1946 r., Jan Stanisław Jankowski 13 marca 1953 r. we Władymirze nad Klaźmą, a Stanisław Jasiukowicz 22 października 1946 r. w więziennym szpitalu w Butyrkach. Pozostali, poza Bieniem (wrócił w 1949 r.), powrócili do Polski w 1945 r. Tu większością z nich zajęła się bezpieka: Pużak aresztowany w 1947 r., zmarł w więzieniu trzy lata później, do komunistycznych więzień trafili także Bagiński, Mierzwa, Kobylański, Michałowski i Stemler-Dąbski. W odrębnym procesie przed sądem sowieckim w listopadzie 1945 r. na 5 lat pozbawienia wolności skazany został Antoni Pajdak. Po odbyciu kary zesłano go do Krasnojarskiego Kraju. Do Polski powrócił dopiero w 1955 r. Oceniając moskiewski proces prof. Wojciech Roszkowski pisał: "Było rzeczą niezwykle symboliczną dla losów Polski, którą z woli Kremla zaczynano nazywać 'ludową' , że wyrok w procesie przywódców Polski Podziemnej ogłoszono 21 VI, a więc w dniu, gdy opublikowano też komunikat o porozumieniu moskiewskim w sprawie TRJN (Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej - PAP). Sprawa polska rozstrzygnęła się więc w Moskwie: niezależnych przywódców narodu, zdradziecko aresztowanych, zgromadzono na sali sądowej, by wysłuchali poniżającego wyroku, drugich zaś - marionetkowych zarządców komunistycznych i realistów ratujących resztki niepodległości - na Kremlu, gdzie uzgodnili formę władzy zależną od ZSRR". (W. Roszkowski "Najnowsza historia Polski 1945-1980").