Według środowisk opozycyjnych, Pyjas zmarł wskutek pobicia przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa. Zdaniem ówczesnych komunistycznych władz, śmierć nastąpiła w wyniku upadku ze schodów. 7 maja 1977 roku ciało Stanisława Pyjasa zostało znalezione w bramie przy ulicy Szewskiej w Krakowie. Prokuratura uznała, że był to wypadek. Podczas śledztwa w 1991 roku ustalono, że student polonistyki został śmiertelnie pobity, jednak nie wykryto sprawców śmierci. Wiadomo natomiast, że SB inwigilowała Pyjasa i jego środowisko. Łącznie śledztwa w sprawie śmierci Stanisława Pyjasa umarzano czterokrotnie, uzasadniając to niemożnością wykrycia sprawców. Od 2009 roku śledztwo w sprawie śmierci studenta prowadzi krakowski IPN. W kwietniu 2010 roku dokonano ekshumacji zwłok mężczyzny. Biegli stwierdzili, że przyczyną śmierci był upadek z wysokości co najmniej 7 metrów. Tezę o śmierci Pyjasa w wyniku upadku z wysokości biegli potwierdzili trzykrotnie. W 2011 roku siostrzenica Pyjasa Agnieszka Przybysz złożyła doniesienie o możliwości popełnienia przez biegłych przestępstwa. Łódzka prokuratura okręgowa badała, czy mogło dojść do przedstawienia przez biegłych medycyny sądowej fałszywej opinii co do śmierci opozycjonisty. W lutym tego roku śledztwo zostało umorzone. Wcześniej Agnieszka Przybysz zgłaszała zastrzeżenia wielokrotnie. Formułowała je między innymi publicznie podczas pogrzebu ekshumowanych szczątków Pyjasa. IPN zastrzeżenia siostrzenicy opozycjonisty skierował do krakowskiej prokuratury, która wszczęła śledztwo "w sprawie utrudniania postępowania IPN poprzez zacieranie śladów przestępstwa, ujawnionych w trakcie ekshumacji szczątków Stanisława Pyjasa". Śledztwo zostało umorzone w lipcu 2011 roku z powodu niestwierdzenia znamion przestępstwa. Stanisław Pyjas urodził się 4 sierpnia 1953 w Żywcu. W latach 1976-1977 spontanicznie włączył się do organizowania protestów przeciwko represjom władzy wobec robotników z Radomia i Zakładów Mechanicznych Ursus. Współpracował z Komitetem Obrony Robotników. Zmarł 7 maja 1977 roku w kamienicy przy ulicy Szewskiej 7 w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu w Gilowicach. W 2006 roku Stanisław Pyjas został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. Sprawa śmierci studenta, który współpracował z Komitetem Obrony Robotników i zbierał pieniądze na pomoc osobom wyrzuconym z pracy po protestach w Radomiu i Ursusie, budziła ogromne emocje. W Krakowie i kilku innych miastach powstały Studenckie Komitety Solidarności, organizowano demonstracje, podczas których dochodziło do starć z policją.