Ks. Małachowski miał dopuścić się plagiatu przy pisaniu wydanej w 2005 r. książki "Jedność i mnogość jako kategorie modelu trynitarnego w ujęciu Mikołaja z Kuzy". Sprawę opisała wrocławska "Gazeta Wyborcza". Według gazety ks. Małachowski najwięcej przepisał z wydanej w 1995 r. książki Georges'a Minoisa "Kościół i nauka". Jest ona wymieniona w przypisie, ale autor nie zaznaczył dokładnie, że duża część tekstu jest cytatem. Małachowski miał też m.in. wykorzystać fragment wykładu Zbigniewa Jacyny-Onyszkiewicza z Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu, w ogóle nie wymieniając nazwiska autora w swojej książce. Rektor PWT we Wrocławiu ks. prof. Waldemar Irek zażądał od Małachowskiego złożenia pisemnego wyjaśnienia w tej sprawie. Jak poinformował rzecznik prasowy Archidiecezji Wrocławskiej ks. dr Andrzej Jerie, ks. Irek powołał też nadzwyczajną komisję senacką w celu "obiektywnego zbadania postawionych zarzutów". Komisja swój raport powinna przygotować do połowy września. Ponadto, "kierując się szacunkiem dla osoby ks. dr. hab. Andrzeja Małachowskiego, troską o dobre imię uczelni, a także przejrzystością obyczajów akademickich" rektor PWT poprosił prorektora o zawieszenie wykonywania obowiązków na uczelni, do czasu wyjaśnienia stawianych mu zarzutów. Małachowski przychylił się do prośby.