Maiduguri jest stolicą Borno, stanu najciężej doświadczonego przez działania Boko Haram. Założone w 2002 roku ugrupowanie Boko Haram początkowo stawiało sobie za cel walkę z zachodnią edukacją i europejskim stylem życia. W 2009 roku organizacja rozpoczęła akcję zbrojną na rzecz przekształcenia Nigerii lub przynajmniej jej części w muzułmańskie państwo wyznaniowe, w którym obowiązywałoby prawo szariatu. Szacuje się, że w wyniku islamistycznej rebelii od 2009 roku w Nigerii zginęło ponad 30 tys. osób, a 2,6 mln musiało opuścić swe domy. Bojownicy organizacji zostali w 2015 roku wypchnięci przez oddziały armii Nigerii i sąsiednich państw z obszarów na północnym wschodzie kraju, które kontrolowali, jednak wciąż dokonują w tym rejonie porwań i zamachów bombowych.