Zimą zespół przygotowywał się m.in. na dwóch obozach. W trakcie zgrupowania w Turcji rozegrał serię sparingów z drużynami z Ukrainy, Rumunii i Czech, przegrywając pięć z sześciu spotkań, a jedno zakończyło się remisem. Zarówno piłkarze, jak i trener Michał Probierz są jednak zadowoleni z realizacji programu przygotowań i uważają, że ta praca będzie procentować w rozgrywkach. Szkoleniowiec podkreślił jednak, że do utrzymania droga jest bardzo daleka. - Przestrzegam wszystkich przed nie wiadomo jakim hurraoptymizmem. Musimy zrobić wszystko, by jak najszybciej zapewnić sobie utrzymanie, ale na pewno czeka nas bardzo ciężka runda - powiedział trener Jagiellonii. W zimowej przerwie w zespole zaszły spore zmiany kadrowe. Odeszli m.in. Słowak Pavol Stano i Niemiec Marco Reich. Już w trakcie przygotowań umowę rozwiązał też bramkarz Grzegorz Szamotulski. Doszli m.in. Brazylijczyk Maycon, kupiony z białoruskiego FK Homel, Jarosław Lato (z Polonii Warszawa), reprezentant Czarnogóry Mladen Kascelan (ostatnio Karpaty Lwów, a wcześniej ŁKS Łódź) oraz obrońcy Marokańczyk El Mahdi i Piotr Klepczarek (ŁKS Łódź). Nie wiadomo jednak, czy w Białymstoku będzie mógł występować na wiosnę Kascelan. W jednym sezonie zawodnik grał już bowiem w dwóch klubach (ŁKS Łódź i Karpaty Lwów), a Jagiellonia byłaby jego trzecim klubem, na co nie zezwalają przepisy FIFA. Rzeczniczka Jagiellonii Agnieszka Syczewska poinformowała, że klub zwrócił się do FIFA z wyjaśnieniem, że Kascelan, grając w Jagiellonii, występowałby w innej klasie rozgrywkowej, niż dotąd, na dodatek w innym kraju. Klub argumentuje też, że dwie wcześniejsze umowy piłkarz rozwiązywał w związku z trudnościami finansowymi tych zespołów. Jagiellonia podpisała też umowę z Rafałem Grzybem (Polonia Bytom), ale kluby nie doszły do porozumienia. Co więcej, Polonia wystąpiła do Komisji Ligi o ukaranie białostoczan, bo jest przekonana, że Jagiellonia złamała przepisy zbyt wcześnie rozpoczynając negocjacje z piłkarzem. Białostoczanie zamierzają się bronić argumentem, że negocjowali z nim, kiedy przepisy już na to zezwalały (umowę podpisano 1 stycznia 2010 roku). Mecze sparingowe: Jagiellonia˙-˙Warta Poznań˙(1. liga) 2:2 Suduva Mariampol (Litwa) - Jagiellonia˙2:1, Jagiellonia - FK Tranzits Ventspils (Łotwa)˙1:0, Jagiellonia˙- Wigry Suwałki˙1:0, Jagiellonia˙-˙Ruch Wysokie Mazowieckie˙1:2, Jagiellonia - Rapid Bukareszt (Rumunia) 0:1, Jagiellonia - Tawrija Symferopol (Ukraina) 1:2, Jagiellonia - FC Otelul Galati˙(Rumunia) 1:2, Jagiellonia - FC˙Banik Ostrawa˙(Czechy) 1:2, Jagiellonia -˙Obołon Kijów˙(Ukraina) 2:2, Jagiellonia - Arsenał Kijów (Ukraina) 0:2.