Inicjatorami stworzenia Kapsuły Czasu byli sami studenci Uczelni. Zgromadzili oni materiały dokumentujące życie uczelniane, nie tylko naukowe, które zostały zapisane na specjalnej płycie DVD wykonanej z niezwykle odpornego, trwałego materiału i wraz z innymi przedmiotami zostały umieszczone w specjalnym walcu wykonanym ze stali nierdzewnej. 8 maja 2014, w obecności Władz Uczelni, Rektora prof. dr hab. med. Wojciecha Nowaka oraz zaproszonych gości, w specjalnie przygotowanym miejscu umieszczony walec, wewnątrz którego zdeponowano przesłanie od Władz Uniwersytetu, medal jubileuszowy, specjalne wydanie czasopisma "Alma Mater", materiały zebrane przez studentów oraz wiele innych przedmiotów związanych z Uniwersytetem. W kapsule umieszczony został również najciekawszy tekst wyłoniony w konkursie zorganizowanym wśród czytelników "Dziennika Polskiego" z okazji Jubileuszu. Zadaniem konkursowym było napisanie tekstu dotyczącego wyobrażenia Uniwersytetu za 50 lat. Jury złożone z przedstawicieli Uczelni oraz "Dziennika Polskiego" wyłoniło trzech laureatów konkursu - Izabellę Bociańską, Julię Kalęba oraz Janusza J. Sepioł. Kapsułę oraz jej wnętrze odpowiednio zabezpieczyli pracownicy naukowi Uniwersytetu. Do dokumentów pisanych zastosowano specjalny atrament, którego właściwości nie powodują jego blaknięcia ani wypalenia. Także papier, na którym sporządzono dokumenty, powstał z zastosowaniem specjalnych technik konserwacyjnych. Zagwarantowano także ochronę kapsuły przed wilgocią i dużymi wahaniami temperatury. Uniwersyteckie przesłanie pozostanie ukryte w ziemi przez co najmniej 50 lat - odkopanie Kapsuły planowane jest nie wcześniej niż w roku 2064. Kapsuła czasu jest darem jubileuszowym dla Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ufundował ją Pan Janusz Soczówka, prezes firmy budowlanej Megabud zajmującej się konserwacją i renowacją zabytków architektury.