Do zwerbowania księdza Tomasza Kaczmarka doszło w 1977 roku. Funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa wykorzystali fakt, że duchowny został skierowany na studia do Rzymu i zaczął starać się o paszport. Jak pisze w "Tygodniku Powszechnym" Piotr Litka, z archiwum IPN wynika, że funkcjonariusze SB ocenili księdza Kaczmarka jako lojalnego obywatela i patriotę. Początkowo duchowny miał zaznaczyć, że nie będzie udzielał SB informacji, które mogłyby godzić w sprawy Kościoła. Później to zastrzeżenie - za wiedzą i zgodą księdza Kaczmarka - usunięto z oświadczenia o współpracy. Podczas sześcioletniego pobytu duchownego w Rzymie, jako agent "Calm" (później "Nebbia") ksiądz spotykał się z pracownika I Departamentu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. "Kontakt systematyczny, dobre rezultaty informacyjne. (...) Agent perspektywiczny" - tak charakteryzowano współpracę z duchownym. "Dobrze się z nim rozmawiało" - mówi "Tygodnikowi Powszechnemu" chcący zachować anonimowość były esbek. Trafnie oceniano, że po powrocie do Polski ksiądz Kaczmarek zostanie wykładowcą we włocławskim seminarium. Po powrocie z Watykanu w 1984 roku duchowny podjął współpracę z Kongregacją Spraw Kanonizacyjnych jako postulator w procesie beatyfikacyjnym. Osoba na tym stanowisku - według kościelnych norm - powinna między innymi być "uczciwa", mieć "nienaruszoną sławę" oraz posiadać odpowiednią wiedzę teologiczną, kanoniczną i historyczną. Jak pisze "Tygodnik Powszechny", w 2005 roku zamierzano jednak odwołać duchownego z funkcji. Dlaczego? "Zastrzeżenia co do metod pracy" - argumentowano. Na odwołanie księdza Kaczmarka nie wyrazili zgody prymas kardynał Józef Glemp i nuncjusz apostolski arcybiskup Józef Kowalczyk. W 2010 roku ksiądz Jerzy Popiełuszko został beatyfikowany. O możliwości beatyfikacji zamordowanego przez esbeków księdza jeszcze w latach 80. zeszłego stulecia wspominali funkcjonariusze peerelowskiego MSW i agentura z Rzymu w raportach wysyłanych właśnie z Wiecznego Miasta. Wątpliwości budzi nie tylko współpraca księdza Kaczmarka z SB, ale równie i jego historyczna wiedza, dotycząca okoliczności śmierci księdza Popiełuszki. Jak akcentuje "Tygodnik Powszechny", postulator mylił się m.in. co do daty śmierci duchownego, eksperymentu z użyciem psa tropiącego w miejscu zdarzenia, wreszcie niestarannie opisuje zeznania świadków. "(...) Bardzo słabo znał zebrany w procesie beatyfikacyjnym materiał dowodowy, mylił i nadal myli podstawowe fakty, podaje nieprawdziwe informacje" - czytamy. Jak zauważa tygodnik, retoryka i twierdzenia księdza Kaczmarka zmierzają do poglądu, że proces beatyfikacyjny oczyścił z zarzutów o współudział w morderstwie księdza Popiełuszki innych funkcjonariuszy komunistycznego reżimu nieosądzonych do dziś, a dalsze śledztwo IPN nie ma sensu. Na koniec "Tygodnik Powszechny" opisują kolejną budzącą wątpliwość sprawę - w 1988 roku ksiądz Kaczmarek jako tajny współpracownik "Łukasz" dobrowolnie wziął udział w rozpracowaniu operacyjnym ówczesnego sekretarza Episkopatu arcybiskupa Bronisława Dąbrowskiego. Dokumentację w tej sprawie podpisali dwaj koledzy kapitana Grzegorza Piotrowskiego, zabójcy księdza Jerzego Popiełuszki. Cały tekst w najnowszym wydaniu "Tygodnika Powszechnego".