Autonomia, tolerancja i zasady etyczne to najważniejsze wartości, których powinny bronić i przestrzegać wszystkie instytucje akademickie - uważają przedstawiciele polskich uczelni publicznych. Jak zapisano w Karcie, - "podstawową wartością, jaką w ciągu długich wieków doświadczeń historycznych udało się osiągnąć polskim uczelniom jest ich pełna autonomia w zakresie prowadzenia badań i uprawiania dydaktyki, a także zarządzania". Sygnatariusze karty podkreślają, że zasada autonomii w żadnej z wymienionych sfer nie może być ograniczana i wiąże się ze szczególną odpowiedzialnością władz uczelni i wykładowców za wypełnianie podjętej misji. "We wszystkich swoich działaniach uczelnia publiczna winna się kierować zasadą otwartości i przejrzystości dla opinii publicznej" - napisali członkowie KRASP. Ich zdaniem, w szkołach wyższych, które są instytucjami wyższej użyteczności obowiązują zasady tolerancji. Zdaniem rektora UJ, Franciszka Ziejki, należy przypominać o zasadach etycznych, gdyż coraz częściej nauczyciele akademiccy traktują tytuły naukowe instrumentalnie, podejmują pracę na 3-4 uczelniach, a coraz rzadziej mówi się o powołaniu. Grzechami środowiska akademickiego są także przypadki przywłaszczenia cudzej własności intelektualnej oraz pozorowania prac naukowych, które są tylko zbiorem wypisów z prac innych osób. Uczelnie powinny też dbać o kształtowanie u studentów "postaw etycznych, poszanowania wartości akademickich i zachowań godnych człowieka dobrze wykształconego i kulturalnego". W karcie zapisano, że wzrost liczby nauczycieli akademickich powinien się wiązać ze stawianiem im wysokich wymagań. W Karcie Krakowskiej mowa także o tym, że "finansowanie szkolnictwa wyższego jest niezbywalnym obowiązkiem władz państwowych", a władze państwowe i władze poszczególnych uczelni powinny zabiegać o tworzenie różnych form pomocy dla młodych ludzi, by zapewnić im równy dostęp do studiów.