Uroczystości rozpoczną się od wręczenia doktoratów honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego jedenastu uczonym. W piątek, podczas konferencji "Obrazy świata", przedstawiciele nauk ścisłych, biolodzy, humaniści i artyści dyskutować mają na temat przewidywanego wspólnego rozwoju tych dziedzin nauki. Tego samego dnia po południu zaplanowano posiedzenie Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich - przedstawicieli 94 uczelni publicznych. Wieczorem w Muzeum UJ zostanie otwarta interaktywna wystawa "Dawne i niedawne", podczas której zwiedzający będą mogli zobaczyć m.in. pracownię alchemiczną Karola Estreichera oraz historyczne maszyny i pomoce liczące. Później na dziedzińcu Collegium Maius wystąpią artyści - absolwenci Uniwersytetu Jagiellońskiego, m.in. Bronisław Maj, Ola Maurer, Grzegorz Turnau, Anna Szałapak, Andrzej Sikorowski i Leszek Wójtowicz. W sobotę natomiast odbędzie się festyn naukowy, w którym będą mogli uczestniczyć wszyscy zainteresowani. W kwartale uniwersyteckim można będzie obejrzeć pokazy lepienia garnków, łupania krzemienia oraz historyczne wynalazki takie jak kierat czy maszyna parowa. W Kościele św. Piotra i Pawła zostanie powtórzony słynny eksperyment z wahadłem Foucaulta. 1 października, w ostatni dzień uroczystości - ulicami miasta przejdzie w pochodzie około 1200 osób w historycznych strojach. Będą tam rektorzy polskich i zagranicznych uczelni, profesorowie oraz delegacje studentów. Najpierw korowód uda się do Collegium Maius, a następnie do Kościoła Mariackiego, gdzie zostanie odprawiona msza święta koncelebrowana przez prymasa Józefa Glempa, kardynała Franciszka Macharskiego oraz nuncjusza apostolskiego arcybiskupa Józefa Kowalczyka. Potem w Filharmonii Krakowskiej rozpoczną się główne obchody jubileuszu. - Mam nadzieję, że polityki w czasie jubileuszu nie będzie. To okazja do poważnej rozmowy z władzami państwowymi o sytuacji szkolnictwa wyższego w Polsce - powiedział rektor UJ prof. Franciszek Ziejka. Niestety, jego słowa nie okazały się prorocze. Prezydent miasta Krakowa Andrzej Gołaś odmówił uczestniczenia w uroczystości ze względu na obecność na niej prezydenta Kwaśniewskiego.