Obowiązki szefa SWW premier Beata Szydło powierzyła Andrzejowi Kowalskiemu w listopadzie ubiegłego roku, po odwołaniu dotychczasowych szefów wojskowych służb specjalnych. Kowalski zastąpił wtedy gen. bryg. Radosława Kujawę. W latach 2006-2011 pracował w Służbie Kontrwywiadu Wojskowego m.in. na stanowisku zastępcy szefa oraz p.o. szefa tej służby. Wcześniej zajmował stanowiska w Departamencie Kontrwywiadu UOP, a następnie Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego.