Jednocześnie jednak Isakowicz-Zaleski zaznaczył, że spojrzenie na Kościół przez akta IPN jest tak naprawdę bardzo pozytywne. Według niego 90 proc. księży nie współpracowało z SB. Podkreślił, że jednym z kandydatów na tajnego współpracownika był "sam bp Szkodoń, który nigdy temu nie uległ". Isakowicz-Zaleski apelował niedawno do duchownych o ujawnienie, kto współpracował ze służbami PRL. Nie wykluczył, że nazwiska ujawni opinii publicznej. Najpierw jednak dokumenty przekaże Papieskiej Akademii Teologicznej. W Krakowie pod koniec lutego metropolita krakowski abp Stanisław Dziwisz powołał komisję teologiczno-duszpasterską "Pamięć i troska", która w oparciu o dokumenty IPN, zajmuje się badaniem i oceną postaw duchownych z archidiecezji krakowskiej w czasach PRL. Przewodniczącym komisji został bp Jan Szkodoń.